坛紫菜(Porphyra haitanensis)微卫星序列的分离、特性及应用

来源 :上海水产大学 上海海洋大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:limanyu
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本文运用尿素法和SDS法自坛紫菜丝状体和叶状体提取DNA,用CTAB/NaCl溶液去除剩余的多糖,反复多次,能纯化得到高质量的DNA,经紫外分光光度计检测,OD260/OD280值为1.84~1.93之间,琼脂糖凝胶电泳可知大小为23kb左右,可用于坛紫菜DNA质粒文库的构建、酶切反应和SSR-PCR扩增。   用限制性内切酶Sau3AI处理提取的丝状体DNA后,选择性回收300~900bp的片段,然后将这些小片段DNA连接至经BamHI酶切并经细菌碱性磷酸酶(BAP)去磷酸化处理后的pUC18质粒载体上,最后转化至大肠杆菌(Escherichiacoli)JM109感受态细胞中,从而构建了坛紫菜部分小片段DNA质粒文库。经蓝/白斑筛选,获得384个白色克隆;选用pUC18质粒的通用引物(5-GTAAAACGACGGCCAGT-3,5-CAGGAAACAGCTATGAC-3)进行PCR反应来对这些阳性克隆进一步筛选并检测插入片段的大小,其中278个含有大小合适的插入片段。将含有300~900bp之间插入片段的克隆送交测序,并利用网络在线软件进行序列分析,在坛紫菜中获得172个微卫星序列,分别分布于103个不同的阳性克隆中。   在发现的微卫星序列中选取了32条微卫星序列设计了引物,然后进行SSR-PCR扩增。SSR-PCR优化反应体系为:0.4μM引物,200μMdNTPs,1.5mMMg2+,1UTaqDNA聚合酶,30ng左右模板DNA;优化反应程序:94℃预变性5min后进入循环体系,94℃变性30s,50~54℃退火30s,72℃延伸1min,进行40个循环;72℃延伸7min。在9对能够扩增出产物中,其中有7对适合进行微卫星分析。
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