科学合理地确立重整程序中的公司治理结构对重整目标的实现和重整程序的顺利推进具有重大意义。目前，越来越多处于经营困境的公司选择重整。因此，公司重整中的治理结构成为理论界和实务界非常关注的问题。本文拟从公司重整中各个主体的权力分配入手，对在重整过程中的经营管理中所遇到的问题提出解决之道。文章第一部分以公司重整的起源开篇，主要介绍公司法和破产法的价值衔接。公司法的目标在于确保市场准入的流畅，激发投资者的热情，其独立人格和股东有限责任最终是为了减少公司破产而给股东造成的损失。而破产法的目的在于拯救公司法人，平衡各方利益，尽量减少利益相关者的损失，谋求利益相关者的利益最大化。前者强调确保公司的“出生”和“成长”，后者强调拯救公司的“死亡”、延长公司的“寿命”。两者的价值在商法体系上一脉相承、具有互补性。文章第二部分将重整对公司治理的冲击进行了分析，着重梳理了公司在常态与重整期间之间的区别。在重整程序前，常态公司中股东拥有公司最终控制权、股东利益至上和公司意思自治、债权人被排除在治理结构之外等方面的内容。在公司进入重整后，治理结构在两种不同的重整模式下存在共同的问题，包括债权人会议对于重大事项决策的权限、股东（大）会对于董事、监事的改选以及报酬事项的决议效力、法院的最终决定权等方面。文章第三部分着重分析公司重整中治理结构的特殊问题，包括债务人自行管模式和管理人管理模式两种模式下的不同问题。在债务人自行管模式，公司原有的权力主体的权限较大，可以决定公司的营业及相关事项，管理人和法院主要起监督作用。在管理人管理模式，公司原有的权力主体的权限受到极大限制，管理人和法院起主导作用。文章第四部针对公司重整中治理结构的问题，提出了相应的对策和建议。具体可行的做法是，通过司法解释从整体上对股东（大）会、董事会、监事会、债权人会议、管理人、法院等主体的权力分配进行界定。