准噶尔沙蒿(Artemisia songarica Schrenk.)，黑沙蒿(A.ordosicaKrasch.)和白沙蒿(A.sphaerocephala Krasch.)均为蒿属(Artemisia L.)龙蒿组的半灌木，同时也是我国荒漠区重要的固沙植物，常成为沙地植被的主要建群种。三种沙蒿形态特征相似，并在分布上形成地理替代。本文采用ISSR和RAPD两种分子标记方法对三个近缘种沙蒿的15个种群进行遗传多样性、遗传分化和亲缘关系分析，结果如下：　　 1.三种沙蒿都具有高的遗传多样性，其物种多态位点比率均在98％以上。这与三种植物风媒授粉有着直接的关系，也是它们之所以作为群落优势种而具备良好的生态适应性和蒿属植物具备深远的进化潜能的主要原因。　　 2.通过两种分子标记方法，以Shannon指数和AMOVA分析分别计算了种群间的遗传分化系数，其结果均显示三种沙蒿大部分遗传变异存在于种群内(种群间的分化占7.96％-20.69％)。并且三种沙蒿的种群遗传一致度都在94％以上，同样表明三个种的种群间遗传分化较小。以Shannon指数估算的结果对三个种的遗传分化进行比较可知，两种标记结果均表现为：准噶尔沙蒿＞白沙蒿＞黑沙蒿，但RAPD标记的AMOVA分析却表现为：白沙蒿＞准噶尔沙蒿＞黑沙蒿，其差异主要来源于白沙蒿(RAPD：Φst=14.31％，ISSR:Φst=7.96％)。　　 3.用Mantel检验三种沙蒿种群间地理距离与其遗传距离的相关性显示，对于准噶尔沙蒿和黑沙蒿，种群间地理距离与其遗传距离均显著相关，而对于白沙蒿两者不相关。　　 4.以三种沙蒿的遗传距离对两种遗传标记分析方法的相关性进行检验，结果表明，对准噶尔沙蒿两种遗传标记相关极显著(r=0.9081，P＜0.01)，对黑沙蒿也显著相关(r=0.643，P＜0.05)，只有白沙蒿不具相关性(r=-0.2981，P＞0.05)，揭示出两种标记检测的基因片段有所不同，对不同物种的遗传结构的反映有一定的差异。　　 5.以两种分子标记获得的物种间遗传距离及聚类分析都表明：准噶尔沙蒿与黑沙蒿之间的亲缘关系比白沙蒿更近。