斑头雁，鸿雁，灰雁和赤麻鸭，作为雁鸭类珍禽养殖业的新秀，具有很高的经济利用价值。近年来，越来越多肠道微生物组学的研究发现，寄生于肠道的微生物参与对宿主的发育，免疫平衡，能量代谢，繁殖以及疾病等诸多生理过程的调控。本文通过采用16S rRNA和宏基因组高通量测序的方法，紧紧围绕这4种鸟类的肠道微生物进行研究。我们首先比较研究了斑头雁成鸟与雏鸟泄殖腔肠道微生物、野生和家养鸿雁肠道微生物、灰雁与赤麻鸭肠道微生物。然后在实验室条件下对斑头雁和赤麻鸭的肠道微生物进行分离与鉴定。最后对分离到的微生物进行药物敏感实验。本研究以期为人工饲养提供参考，并为下一步的肠道益生菌剂研究奠定基础。　　对比斑头雁成鸟与雏鸟泄殖腔微生物，我们发现，斑头雁雏鸟的泄殖腔微生物多样性低于斑头雁成鸟，斑头雁成鸟与雏鸟泄殖腔微生物种类和数量也存在差异，梭杆菌门和放线菌门在雏鸟中含量均高于成鸟，而变形菌门和蓝细菌则被发现以较高含量存在于斑头雁的成鸟中。对比野生与家养鸿雁肠道微生物，我们发现，在门的水平，野生与家养鸿雁肠道微生物主要隶属于2个门，厚壁菌门和变形菌门。拟杆菌门和放线菌门的含量则非常低。在属水平上，家养鸿雁与野生鸿雁相比，具有显著降低的梭状芽孢杆菌，具有显著增加的肠球菌和类芽孢杆菌。对比灰雁和赤麻鸭的肠道宏基因组，我们发现，灰雁的4大门类是厚壁菌门、变形菌门、软壁菌门和梭杆菌门;赤麻鸭的4大门类是厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和梭杆菌门。灰雁优势属为链球菌属、大肠杆菌属、支原体属、Romboutsia和葡萄球菌属;赤麻鸭优势属为肠球菌属、拟杆菌属、链球菌属、巨单胞菌属和乳酸菌属。赤麻鸭组在戊糖和己糖醛酸转换、RNA转运、PPAR信号通路、过氧化物酶体、嘧啶代谢、柠檬烯和蒎烯降解较灰雁组活跃。灰雁组则在氯代烷和氯代烯烃的降解、萘的降解和类胡萝卜素的生物合成较为活跃。在实验室条件下，我们从斑头雁粪便中分离到一株葡萄球菌，从赤麻鸭粪便中分离出芽孢杆菌、屎肠球菌和大肠杆菌。通过药物敏感实验发现，葡萄球菌对环丙沙星、庆大霉素、卡那霉素、四环素耐药，对诺氟沙星、氧氟沙星、氯霉素中度敏感，对氨苄西林、羧苄西林、哌拉西林、头孢唑林、头孢呋辛纳、头孢他啶、头孢曲松钠、头孢哌酮、磺胺甲恶唑敏感。芽孢杆菌对氨苄西林、哌拉西林、环丙沙星、氯霉素、四环素耐药，对羧苄西林中度敏感，对头孢唑林、头孢呋辛纳、头孢他啶、头孢曲松钠、头孢哌酮、诺氟沙星、氧氟沙星、磺胺甲恶唑、庆大霉素、卡那霉素敏感。屎肠球菌对头孢哌酮、庆大霉素敏感，对头孢曲松钠、氯霉素中度敏感，对氨苄西林、羧苄西林、哌拉西林、头孢唑林、头孢呋辛纳、头孢他啶、诺氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星、磺胺甲恶唑、卡那霉素、四环素均耐药。大肠杆菌对头孢唑林、头孢哌酮、氧氟沙星、磺胺甲恶唑敏感，对氨苄西林、哌拉西林、头孢他啶、诺氟沙星中度敏感，对羧苄西林、头孢呋辛纳、头孢曲松钠、环丙沙星、氯霉素、庆大霉素、卡那霉素、四环素耐药。