裸燕麦落粒相关基因的克隆及生物信息学分析

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 3次 | 上传用户:sgaini1532
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种子落粒现象在植物中广泛存在,对种子的生产具有严重的影响,会造成一定的经济损失。本研究针对不同品种裸燕麦种子的落粒程度进行统计分析,并克隆裸燕麦落粒相关基因,对其同源性比对,并进行编码蛋白的一级、二级和三级结构分析、蛋白质疏水性分析、基因信号肽预测、跨膜分析和亚细胞定位等生物信息学分析。在不同落粒程度的裸燕麦材料中克隆了AnQ、Ansh5和Ansh1基因,并对不同品种中基因的序列进行差异分析。主要结果如下:1.62个裸燕麦品种及品系的落粒率的变化范围是1.8%~18.3%,并筛选出落粒性较强的5份材料和较弱的5份材料,用于后续基因克隆及生物信息学分析。2.小麦落粒基因Q基因在裸燕麦中存在两个同源基因,分别是位于A染色体组的AnQ-1和位于D染色体组的AnQ-2,均含有7个外显子和6个内含子。其编码543个氨基酸,编码蛋白分子量为58803.51,等电点为9.27,是一个不稳定的亲水性跨膜蛋白。AnQ-1基因全长3332bp,存在可能与落粒性相关的候选基因位点19个;AnQ-2基因全长3303bp,存在可能与落粒性相关的候选基因位点34个。3.水稻落粒基因sh5基因在裸燕麦中存在两个同源基因,分别是位于A染色体组的Ansh5-1和位于D染色体组的Ansh5-2,均含有4个外显子和3个内含子。其编码582个氨基酸,编码蛋白分子量为62743.75,等电点为8.81,是一个不稳定的亲水性蛋白。Ansh5-1基因全长3826bp,存在可能与落粒性相关的候选基因位点4个;Ansh5-2基因全长3778bp,存在可能与落粒性相关的候选基因位点6个。4.Ansh1基因编码188个氨基酸,编码蛋白分子量为21276.25,等电点为9.34,是一个不稳定的亲水性蛋白。
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