生态环境损害赔偿制度是指省、市地级政府(包括直辖市所辖的区县级政府,下同)及其指定的部门或机构作为本行政区域内的生态环境损害赔偿权利人对于义务人进行污染环境以及破坏生态的行为,直接或者间接地促使当地或邻近生态环境在物理、化学或生物特性等方面发生的能够被观察或者测量的一系列不利改变,以及对于环境自身提供生态系统服务的能力造成一定的破坏或者损伤,进行赔偿磋商或经过磋商不能达成一致意见,而向人民法院进行起诉的制度,这一说法主要意指生态环境损害赔偿磋商制度以及生态环境损害赔偿诉讼制度两个部分。从2015年在重庆、山东等七个省市开展的试点工作以来,全国共有11例生态环境损害赔偿案件,通过实证的角度来对案件从点和面两个维度进行分析,发现存在适用范围狭窄、磋商程序性质未明、赔偿定量化与标准化难题、权利人定位与权利范围不清、公众参与和信息公开不畅、诉讼程序缺失等问题,其症结在于对宪法第9条“国家所有”条款的性质存在“认知”障碍。对自然资源国家所有权的简单“认识”已不足于应对新时代生态文明体制改革的要求,需要通过对自然资源“国家所有”的性质展开分析,从而明确生态环境损害赔偿制度的改革要点。自然资源国家所有权理论起源于罗马法中共用物与公有物理论,后逐渐演化为大陆法系中的公产理论以及英美法系中的公共信托理论。学界对于自然资源国家所有权的性质理解存在法权说与非法权说的分野,而国家所有权实际上是指在宪法层面上赋予了国家对私人所有权进行限制的权力与职责,是以规范和制约公共权力、参与和监督公共事物、增进和分配公共利益为指归的公权,是一种立法权和管理权,并非传统私法领域以财产权和人身权为指归的私权。基于此,应当将生态环境损害赔偿制度的重点发展方向转为生态环境损害赔偿磋商制度,并将其视为一种行政手段的丰富,而非将行政相对人推上生态环境损害赔偿诉讼案件中的被告席,以期通过这一方式,实现政府的新型“创收”。2017年,中共中央、国务院为推进生态文明体制改革,推动了《生态环境损害赔偿制度改革方案》的颁布,进一步加快了生态环境损害赔偿制度的建设步伐,因此,而今当务之急应当为制定配合生态环境损害赔偿诉讼的相关审判规则,借由司法权来限制行政权的肆意扩张。但从长远来看,司法解释的效力不足,并且只能够对审判进行规制,故应当通过程序与实体的二元构造,对生态环境损害赔偿制度进行规制,并在环境法成体系的情况下,推动环境法典化进程。