国定贫困县的脱贫发展问题是中国“三农”问题的重中之重，而国定贫困县新型农村合作医疗则是国定贫困县脱贫发展的基础性重要方面，对于抑制农民因病致贫、因病返贫、降低贫困发生率有着极其重要的作用。近年来，关于新型农村合作医疗制度及其运作，理论界和学术界研究成果颇多，但以贫困地区或贫困人群作为研究对象的还很少，特别是关于国定贫困县新型农村合作医疗制度的理论和实证研究基本上是一个空白。因此，本文选取国定贫困县新型农村合作医疗作为研究对象，以实证研究为基础，将理论思考和实证个案相结合，对新型农村合作医疗制度的运行模式、筹资理论、管理体制及立法保障等一系列问题进行集中而典型的调查研究，发现、分析国定贫困县新型农村合作医疗制度及其运行存在的主要问题，提出相应的具有普遍意义和广泛适用价值的系列对策建议，希望能对国定贫困县及至国家完善新型农村合作医疗制度有所助益。论文首先回顾我国农村合作医疗的发展历程，总结新型农村合作医疗制度运行状况并概括了国定贫困县新型农村合作医疗制度的总体情况。接下来是个案研究，介绍了山西省娄烦县合作医疗运行的基本情况，总结其成效，重点分析了其存在的九大方面问题。最后提出了完善国定贫困县新型农村合作医疗的九个方面对策建议。同时，就新型农村合作医疗制度中政府作用与市场的关系，即医疗保障与医疗保险的关系进行了一点理论思索。