权力的优化配置是高校管理工作的重点,对于大学的职能发挥和健康发展具有重要的价值;校院两级管理是目前高校普遍的、成熟的内部管理体制。学院是高校的“经济基础”,是大学功能发挥的主阵地。因此,学院制改革已成为我国高校内部组织结构调整和内部管理体制改革的重要举措。我国新时代高等教育的可持续发展在客观上要求进一步改革高校内部管理体制,建立和完善具有中国特色的现代大学制度,改革和完善高校内部治理结构,合理配置大学权力,规制权力运行。中国高校要始终坚持走社会主义高等教育发展道路,扎根中国大地,构建适用、灵活、高效的社会主义高等教育管理体制。高校党委应该把校院两级权力配置作为管理工作的重心,把权力适度下放和实现权力制衡作为改革的难点和关键点。从实践反思视角来看,学校和学院双方问题导致了权力运行的无序、失衡以及学院积极性和行动力缺乏。从理论反思视角来看,现有研究大都是抽象地提出校院两级权力配置的原则和路径,多关注横向权力分配与制约,使得研究成果缺乏应有的指导功能和应用价值。优化校院两级权力配置能够为高等教育领域贡献“中国方案”,激发高等学校的活力和提高资源利用效率。本研究运用文献研究法、问卷调查法、访谈法和案例法,对公立高等学校校院两级权力配置的现状及应有配置进行了研究。研究基于大学权力微观分析的方法,以考察大学管理最重要的人事权、财务权和事务权的运行状态作为分析校院两级权力配置的逻辑起点,以决策权、执行权和监督权的效能整合水平作为构建校院两级权力配置理论与实践的基础向标,揭示出高校权力配置的思维方式和实践策略,动态地、具体地、务实地实现政治权力、行政权力、学术权力和民主权力的结构优化。在厘清校院两级权力配置等基本概念基础上,依据高等教育系统理论,提出校院两级权力配置包括运作系统和支持系统,其中,运作系统包括主体、对象、内容和程序四个要素,支持系统包括组织、制度、机制和文化四个方面,运作系统是内在系统,支持系统是运作系统的条件和保障,它们共同建构了校院两级权力配置。基于对治理理论、利益相关者理论、博弈论和程序正义理论的介绍与分析,揭示出我国高等学校校院两级权力配置存在权力高度集中于校级、权责不一与不清、权力运行失衡等问题,结果是组织失序,制度失范,机制失效和文化失调;通过考察发达国家公立高校校院两级权力配置的现状,总结了相对集权、底部沉重、依法治校和多元共治等经验,提炼出集权与分权均衡、权力与责任对称、效率与民主统一、合目的性与合规律性统一的深刻启示。本研究最后提出“学术自由性与受控性对立统一”的大学本质观是校院两级权力配置的出发点和落脚点,找出了校院两级权力配置的影响因素,包括问题识别、组织诊断、价值认知和过程介入,并系统分析相互关系;进而又重点设计了我国高等学校校院两级权力配置的运作流程,同时提出权力配置的运作需要对支持系统进行管理改革和创新。本研究创新之处主要体现三个方面:一是厘清了高等学校校院两级权力配置的概念、本质和价值,揭示了高等学校校院两级权力配置的本质（资源配置）、方式（适度分权）和目标（优化权力结构和运行机制）,为高等学校校院两级权力配置提供了坚实可靠的理论支撑;二是分析了高校校院两级权力配置的内在逻辑,进而提出高等学校校院两级权力配置的影响因素是问题识别、组织诊断、价值认知和过程介入四类,分析了相互关系和内在规定性;三是提出了校院两级权力配置要对运作系统和支持系统进行优化,其中运作系统包括主体、对象、内容和程序四个要素,支持系统包括组织、制度、机制和文化四个方面,为高等学校校院两级权力配置提供了科学的思维方式和实践路径;同时强调我国高校校院两级权力配置需要改革机构,创新制度,改进机制和建设文化。