随着人类社会日新月异的迅猛发展，生物多样性保护对人类社会的可持续发展具有越来越重要的意义。公海是地球生命系统中非常重要的组成部分，公海生物的多样性维持着海洋生态系统的平衡发展，也是人类生产生活的重要物质来源。但是现如今，人类不断的开发和利用活动使公海生物多样性面临的压力日益增加。公海生物多样性问题是一个涉及面广，非常复杂的系统，一个环节出现错误就会对其他环节产生巨大的影响。然而公海的面积广阔，而且各个海域的生物多样性状况各具特点，所以在研究保护公海的生物多样性问题时难点较多。现阶段破坏公海生物多样性的直接原因包括公海倾废、公海捕鱼以及公海范围内的科学研究这三个方面。间接原因包括公约的滞后和公海制度对公海生物多样性保护工作的限制。《生物多样性公约》和《联合国海洋法公约》对于公海生物多样性的保护具有里程碑式的意义，它们的相关规定展开了对公海生物多样性问题的思考。但是现阶段对公海生物多样性的保护只是框架性和指导性的。与内海的海洋生物多样性保护相比，公海生物多样性的保护受到公海范围和公海制度的影响。　　现阶段对公海生物多样性进行有效保护的可行方式就是建立公海特别保护区。特别保护区的建立虽然与现行公海自由原则存在矛盾的地方，但是纵观世界海洋史的发展，特别保护区是公海生物多样性保护的必经之路。公海特别保护区的设立在当前还只是停留在理论阶段，要想把公海特别保护区成为现实就必须对公海保护区的理论和制度构建进行完善。具体从以下几方面进行完善：1.理论的完善。它让越来越多的人相信公海特别保护区建立是可行的；2.明确公海特别保护区的原则，包括非歧视原则、预防性原则和国际合作原则；3.争端解决机制的完善，包括调解程序、司法程序和仲裁程序。4.相关措施的完善，使公海特别保护区由理论走向现实。