本文在回顾、评价国内外商业银行内部控制研究理论的基础上，从系统论的角度，对我国商业银行内部控制系统的五大要素：内部控制环境、风险评估体系、内部控制活动、信息系统和内部审计和监督的特点功能进行深入研究，进而比较中西方商业银行差距，结合典型案例全面剖析我国商业银行内部控制系统存在的问题，提出完善我国商业银行内部控制系统的观点和思路。 第一部分阐明了商业银行内部控制的概念，我国商业银行体系的特点，论述了研究商业银行内部控制的必要性。 第二部分回顾国内外关于商业银行内部控制理论研究的最新进展。 第三部分分别阐述商业银行内部控制系统的五大要素的概念和性质，运用比较分析方法，剖析我国商业银行与西方发达国家商业银行在各方面存在的差距：1、从产权制度、公司治理结构、组织结构、人员素质等四个方面对比我国商业银行在控制环境上存在的差异，突出强调产权制度是商业银行控制环境重要构成要素的观点；2、论述商业银行风险的性质与分类，分析商业银行风险评估的含义和在内部控制中的作用。在此基础上，剖析我国商业银行风险评估系统存在的不足，认为我国目前的风险评估局限于信贷风险评估；3、阐明商业银行内部控制活动的含义，列明我国商业银行内部控制活动存在的主要问题：内控制度不健全、最高管理层和各级管理者普遍缺乏风险控制意识、内部控制以事后控制为主缺乏必要的事前和事中控制。4、阐明商业银行信息系统含义，对比发达国家商业银行，剖析我国商业银行信息系统存在的不足：会计信息失真、信息传递效率低下、系统的开发和利用效率不高；5、阐明商业银行内部审计的含义和作用，剖析我国商业银行存在的不足：内部审计缺乏独立性；没有明确的准入和考核机制，内审人员素质难以保证；审计手段落后，计算机辅助审计软件的开发和应用刚刚起步。 第四部分列明作者所期望达到的内部控制目标模式。 第五部分主要是针对第三部分提出的问题，为达到所期望的目标模式，分别阐述改革和完善我国商业银行内部控制环境、风险评估体系、内部控制活动、信息系统和内部审计的思路和建议。