基层学术组织改革不仅是高等教育研究中的一个重要话题,也是研究型大学发展过程中的核心要素。高等教育大众化以来,大学规模不断扩张、功能不断扩展、地位不断加强。但随着知识生产模式的转型,大学基层学术组织的结构面临着新的挑战。学科逐渐走向综合化,新知识的生产已经不再局限于学科内部,而是同样发生在现有学科分野的缝隙之中,产生于不同学科的交互过程中。那些由政府、企业或者科学家团队所主导的一些旨在解决人类面对的重大问题的项目工程显证了学科边界正变得越来越模糊这一事实。诸如环境领域、经济领域,卫生领域、通讯领域等重大问题的研究,越来越需要来自不同学科专家的合作努力。实质上,在综合化的研究领域中,跨专业协作已经形成一种默认的共识。在此背景下,以学科型组织为主要构成要素的研究型大学正与时代特征显得格格不入。长远来看,这种组织建制不仅无法使大学取得快速发展,反而会成为大学前进道路上的“绊脚石”。对于研究型大学来说,最大的危险就是用昨天的逻辑来思考今天的现象。相反,人们需要更新现有的思考方式,从惯性思维中走出来,并逐步走出路径依赖的困境。基于此,人们开始审视现有的大学组织结构,并将批判的矛头指向那些过于专业化和精细化的基层学术组织。反对者认为,基于系科建制的基层学术组织模式导致了知识的碎片化,如果大学继续保留传统的学科组织结构和形式,或者继续以学科专业化的形式进行学术工作,将有可能阻碍科学的进步,并削弱大学对社会的贡献程度。从国际经验来看,跨学科研究的兴起正在悄无声息撬动着大学传统的组织结构,基于学科的院系组织已经或正在发生着转型及重组。在美国,面对学科交叉的发展趋势,研究型大学普遍实施了基层学术组织改革,力图打破学科与组织的边界,在传统院系建制的基础上设置了专门的跨学科组织机构,最终形成了“传统学术性的学系结构”和“新型机制的跨学科组织结构”互相促进、互相成就、互相发展的组织模式。就我国研究型大学而言,基层学术组织的发展经历了由仿欧美建制的系所模式到访苏联建制的教研室（组）模式,再到模仿借鉴与自主探索下的多样化模式等阶段,经过近一个世纪的发展,取得了显著的历史成就,并形成了院系管教学、所室管科研,独立的创新型科研组织,以及产、学、研结合这一基本模式。然而,由于我国研究型大学内部学科型组织的强势以及学科文化的保守,学科和学科型组织在彼此之间建立并发展出了一种强大的互惠关系,这种默认的联结随之制度化,大学内部的学术活动被迫屈从于基于学科型组织所建立起来的一套“顽固”的惯例或准则。这导致我国研究型大学基层学术组织在运行中出现了不少问题,一方面,基层学术组织设置与管理上的无序与混乱使得我国研究型大学内部充斥不少仅停留在文本上的“影子式”组织;另一方面,基层学术组织的扩张及日益分化与专门化使得我国研究型大学呈现出了“巴尔千化”式的组织割据。受前苏联模式影响而形成的知识、学科以及专业的高度分化,伴以与其相匹配的制度设计、评价体系、课程设置、人才培养、师资队伍以及学位授予等而不断强化的传统系科制,使我国研究型大学在基层学术组织改革上临着非同寻常的困难和挑战以及束缚与制约。此外,随着“双一流”建设的推进,越来越多的研究型大学建立了强大的学科计划,但与此同时也创造出了强大的学术力量迫使学术社会离散,这种风险是不应该被忽视甚至不应该被低估的。基于对上述问题的审视与思考,本研究以基层学术组织为逻辑起点,以知识生产模式转型为研究视角,围绕学科型组织与跨学科组织展开研究。梳理了大学基层学术组织改革的知识逻辑,分析了知识生产模式转型背景下美国研究型大学基层学术组织的改革,以及我国研究型大学基层学术组织面临的问题及挑战,最终提出了研究型大学基层学术组织改革的若干建议。本研究主要有以下几个发现,即二战后的美国研究型大学对传统的学科型组织建制作出反思,及时实施了基层学术组织改革,主要有:重塑学系的性质与使命,设置专门的跨学科组织,革新大学建筑设计理念等。我国研究型大学基层学术组织呈现出几个典型问题,包括:“巴尔干化”式的组织割据,基层学术组织结构及管理上的无序,以及跨学科组织方面的制约和束缚等。建议认为,我国研究型大学需要开放组织边界,并做到:守持基层学术组织理性,关注大学的整体效益;优化基层学术组织结构,架起院系合作的桥梁;重视制度的设计与完善,保障学科合作的成效;营造跨学科的文化氛围,鼓励学科交叉与融合。