新疆农产品品种丰富，质量好，但是加工程度低，产品增值少，新疆具备发展农产品出口加工基地得天独厚的条件。建设农产品出口加工基地是新疆变资源优势为经济优势的有效途径，也是新疆发展农村工业化和实现农业产业化的重大举措；建设农产品出口加工基地对于新疆农产品的产业结构升级，提升农产品附加值，增加农业产值，发展地方经济具有深远的影响；建设面向中亚的农产品出口加工基地，可以更加充分的发挥原有的地缘优势和资源优势，充分挖掘中亚市场的潜力，将国际国内两种资源进行整合，根本上提升农产品对外贸易的水平。在新一轮西部大开发的大好形势下，新疆作为农业资源大省应把握机遇，正视发展道路上面临的挑战，积极建设农产品出口加工基地，加快农业产业结构升级，按照出口加工基地到产业集聚功能区再到区域经贸自由区的方向稳步推进，基地选址应该在发展比较成熟的口岸地区，可以充分发挥示范带头作用和经济辐射作用，而且基地内产业选择应以与中亚市场产业结构的互补性为依据，同时也应该充分发挥新疆廉价劳动力丰富的优势，改变经济发展方式。本文通过分析新疆农产品出口加工基地的区域分布、规模等，进一步了解新疆农产品出口加工基地的发展现状，并找出其发展过程中存在的问题，实证分析了农产品出口加工基地建设对新疆农业经济的影响。通过借鉴泰国在农产品出口加工区和山东的农产品出口加工基地的经验来为加快建设新疆农产品出口加工基地提供一些可行的建议和对策。希望通过加快新疆农产品出口加工基地的建设，加速产业结构优化升级，全面提升新疆外向型经济的发展水平，真正地带动新疆区域经济的发展。