皱纹盘鲍和杂色鲍的线粒体编码区序列分析

来源 :中国科学院研究生院 中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:haru
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本研究以腹足纲(Gastropoda),前鳃亚纲(Prosobranch),原始腹足目(Archaeogastropoda),鲍科(Haliotidae),鲍属(Haliotis)的皱纹盘鲍(H. discus hannai Ino)和杂色鲍(H. diversicolor Reeve)为研究对象,旨在通过对其线粒体编码区序列以及种内可变位点分布的测定,从而深入了解皱纹盘鲍线粒体基因组编码区SNP位点的数量与分布,以及杂色鲍线粒体基因组编码区序列的特点。本研究的主要内容分为以下两部分:一、皱纹盘鲍线粒体编码区序列的单核苷酸多态性(SNP)研究采用DNA测序技术分析了取自中国和日本16个皱纹盘鲍个体的线粒体基因组编码区全序列,在总长度为15,914-15,916bp的序列中共检测到单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)位点370个,其中有26个SNP位点导致了线粒体基因组编码氨基酸残基的改变。由SNP位点在蛋白编码区的分布可知,编码NADH复合体和ATP合成酶的基因进化速度较快,而编码细胞色素C氧化酶复合体和细胞色素b酶原的基因则更保守。本实验共发现26个地理群体间特异的SNP位点,可能为鉴定皱纹盘鲍不同地理群体的分子标记开发提供启示。二、杂色鲍线粒体基因组编码区研究本研究测定了全长15863bp的杂色鲍的线粒体编码区序列,与其他后生动物相似,编码区含有13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和21个tRNA基因。杂色鲍线粒体基因排布顺序独特,与多板纲石鳖十分相似,仅有4个tRNA易位和trnP反转的不同,但却与同为腹足纲原鳃亚纲的Apogastropoda有较大差别。根据杂色鲍与Genbank中公布的3种鲍的Ka/Ks值的比较可知,相对于cox1和cox2这些保守基因来说,基因nad2、nad4L、nad6和atp8有更小的负选择压力。本研究还测定了另外两枚杂色鲍个体的线粒体编码区序列,并进行了比对分析,在3个个体的线粒体序列中共找到可变位点114个,其中绝大多数可变位点都未造成序列所编码氨基酸的改变。本研究表明,线粒体基因组可作为种内不同地理群体鉴别的工具。
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