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本研究以重庆果树研究所提供的22个甜橙（Citrus sinensis（L.）Osbeck）样品为材料,利用ISSR标记对其进行种质鉴定。主要研究结果如下: （1）获得了一种省时、简便的适用于ISSR-PCR扩增的甜橙基因组DNA提取的方法。通过该法提取甜橙基因组DNA所需时间相对较短,且不需进行反复的酚:氯仿:异戊醇抽提,提取出来的DNA其OD260/280在1.65-1.90范围内; （2）通过对退火温度、MgCl2和dNTP浓度的试验,获得适用于本实验室的ISSR-PCR反应体系和扩增程序如下: PCR反应体系:每20μL的扩增反应混合液包括10×PCR buffer、2.2mmol/L MgCl2、dNTP每种浓度都为220μmol/L、1μmol/L引物、2%甲酰胺、1单位Taq酶（上海生工）以及25ng DNA模板; PCR程序:94℃预变性6min;27-35次循环,包括94℃变性30s,54-58℃退火45s,72℃延伸2min（Touch-down PCR）;72℃延伸7min。其中,退火温度因引物不同而异; （3）从22个ISSR引物中筛选出13个能得到有效扩增的引物,并通过对退火温度和循环次数的试验,建立适用于这13个ISSR引物的PCR程序。将这13个引物用于22个甜橙样品的ISSR-PCR扩增,总共得到218个条带,其条带大小在100-3000bp范围内,其中由8个引物在11个样品中扩增得到的15个多态性条带,可以将这11个样品从22个样品中区分开来。结果表明,甜橙各品种之间的亲缘关系较近; （4）在将品质分析结果与分子标记研究结果进行对比后,可以找到两者之间可能存在的联系,但无法由本次实验的结果得出两者之间确实的关系。