胡子鲇是我国南方大面积养殖的淡水经济鱼类，具有重要的营养价值和经济价值，是广东、广西、福建的重要养殖鱼类，市场潜力巨大。然而，对胡子鲇的研究只限于养殖方面，其遗传多样性、种质资源及养殖状况、雌雄间的差异如何都未见报导，因此，本实验利用AFLP技术，开展了以下方面的研究：（1）从64对引物中筛选得到5对引物，分别对胡子鲇三个养殖群体（厦门XM、江门JM、玉林YL）共90个个体进行AFLP扩增，分析胡子鲇群体内群体间遗传多样性。扩增得到289条清晰的谱带，引物多态性介于47.8%-63.8%，平均多态性比率为56.4%。就胡子鲇整个群体而言，遗传杂合度（Ht）为0.1611，遗传分化系数（Hs）为0.1536，遗传分化度（Gst）为0.0511，基因流（Nm）为8.5018，显示出胡子鲇多态性处于中等偏下水平，群体内部遗传分化系数较高，三个群体间无较大的分化，遗传差异主要来自于群体内部不同个体之间，且三个群体基因流动较好。相对于XM群体和YL群体，JM群体多态性较好，Nei指数和Shannon指数较高，种内分化程度较好，群体间比较发现，XM群体和YL群体分化程度最大，XM群体和JM群体次之，JM群体和YL群体最小。（2）6对引物组合对胡子鲇亲代和子代共60个个体进行AFLP扩增，共得到326条清晰谱带，群体平均多态位点比率为25%，Ne为1.0405，多样性指数为0.1267，shannon信息指数为0.2047，群体总Ht为0.1387，Hs为0.1336，Gst为0.0367，Nm为13.1422。结果显示胡子鲇亲代多态性略高于子代，可能与亲代单一及繁殖次数多有关，提示应加强亲代的管理筛选，保证胡子鲇养殖业的可持续发展。（3）用144对引物扩增胡子鲇雌雄基因组DNA，但未找到雌雄间具有明显差异的片段，推断可能与胡子鲇性别连锁的片段数量较少、选用引物种类和数量较少及内切酶不适于筛选胡子鲇性别特异分子条带等因素有关。