T细胞免疫在机体对抗病原微生物感染过程中发挥了重要作用。抗原特异性T细胞通过识别被感染细胞表面的抗原多肽与主要组织相容性复合物(MHC)分子形成的复合物（pMHC，在人类中称为多肽与人白细胞抗原复合物，pHLA），产生CD4+/CD8+T细胞免疫及其他非经典T细胞免疫反应，间接作用于被感染细胞内的病原微生物，从而达到清除病原的作用。结核分枝杆菌(MTB)、肠病毒71型(EV71)及流感病毒是威胁公共卫生安全的几种重要病原微生物，然而其免疫保护机制尚未完全明晰，对于疫苗及特异性治疗手段的开发设计造成了障碍。因此，针对MTB、EV71及流感病毒的特异性T细胞免疫研究，对于理解这些病原微生物的免疫保护机制及有效的疫苗设计具有重要意义。　　通过设计和合成覆盖EV71病毒结构蛋白VP1-VP4全序列的重叠多肽，我们第一次在健康人群中对EV71特异性T细胞免疫水平进行了系统评价，并深入研究了EV71病毒各抗原的T细胞免疫原性。研究发现健康人群中普遍存在能够对EV71反应的T细胞，VP2抗原介导了EV71病毒主要的T细胞免疫原性反应，进一步分析发现该抗原N端至C端全长广泛分布免疫原性多肽。通过对VP2抗原特异性T细胞表型和功能鉴定，发现其主要以单分泌IFN-γ的CD4+T细胞为主。我们进一步鉴定出了31条免疫原性多肽，与柯萨奇病毒A16型(CV-A16)及EV71各亚型的同源性分析及交叉反应研究表明，尽管对于一些变异多肽的交叉反应效率较低，EV71病毒不同亚型及与CV-A16病毒间存在广泛的T细胞免疫交叉反应。通过这些免疫原性多肽在脊髓灰质炎病毒3个疫苗株中的同源性分析及交叉反应评价，发现大部分免疫原性多肽在脊灰病毒中存在较大变异，这些较高变异水平的多肽不能够与EV71病毒T细胞产生交叉反应，由此可以推测脊灰疫苗的接种对于EV71病毒T细胞免疫的影响非常有限。这些发现对于有效的EV71疫苗设计和效果评价具有重要的参考价值。　　我们对结核特异性抗原Rv3615c的杀伤性T细胞(CTL)免疫原性进行了系统评价，通过生物信息学手段进行预测，发现其序列中包含了多个可能的主要HLA-A位点分子限制性多肽。通过在活动性结核病例中的反应，我们进一步鉴定出了7条具有CTL免疫原性的表位多肽，包括2条HLA-A2限制性多肽，2条HLA-A24限制性多肽及3条HLA-A3超家族分子限制性多肽。同时，我们发现这些表位多肽能够在不携带相应HLA分子的个体中产生T细胞免疫交叉反应，而这种T细胞免疫交叉反应的存在使得其能够在更广泛的人群中产生T细胞免疫，这对于以T细胞为基础的临床诊断及表位疫苗设计提供了重要参考。基于此，我们对Rv3615c抗原在结核感染的临床诊断中的应用价值进行了进一步的评价。通过对1255例临床及健康样本的多中心、随机双盲试验评价，我们发现应用Rv3615c、ESAT-6和CFP-10抗原组成的三抗原组合肽库与T-SPOT.TB相比较，对结核感染检出率提高了3.1％(p＜0.05)，更为重要的是，对于临床诊断中缺乏有效证据的菌阴结核的检出率提高了6.8％(p＜0.05)。进一步的研究分析发现，应用这三个抗原组合多肽库在结核合并其他疾病个体中的检出率及免疫反应水平较低，分析发现这些病例多数为肿瘤或合并其他感染个体，这表明由于疾病引起的个体中T细胞免疫系统抑制或损伤可能是引起其较低的结核特异性T细胞免疫反应的原因。这些研究表明，应用ESAT-6、CFP-10及Rv3615c抗原组合能够有效提高结核感染检出率（我们据此设计出了新的结核诊断试剂盒），然而在合并其他疾病个体（尤其是免疫抑制性疾病个体）中可能产生的较高的假阴性需要慎重考虑。　　我们还对流感病毒的HLA-A24限制性T细胞免疫反应进行了评价，鉴定出了5条HLA-A24限制性T细胞表位多肽，且发现这些多肽能够在HLA-A3超家族成员分子（包括HLA-A11，-A31，-A33，和-A30）阳性个体中产生广泛的T细胞免疫交叉反应，这对于我们设计能够覆盖更为广泛人群的T细胞表位疫苗具有重要的参考价值。　　总之，本论文对EV71病毒、MTB及流感病毒的T细胞免疫进行了系统研究，这些发现对于理解这几种病原微生物在人体中的T细胞免疫保护机制不无裨益，对于临床诊断应用及有效的疫苗研发亦具有重要的参考价值。其中结核方面的研究获得了一项国家发明专利授权，相关诊断试剂盒临床批号正在申报中。