生态环境综合行政执法是指整合相关污染防治和生态保护执法职责后,由生态环境综合行政执法队伍统一行使行政处罚权、行政检查权和行政强制权。我国在生态环境领域开始推行综合行政执法,其目的在于解决传统环境执法体制中的多层、多头和重复执法等固有弊端,以实现我国生态环境治理体系与治理能力现代化建设的目标。从目前中央和地方的实践情况来看,生态环境综合行政执法仍处于较为初级的阶段,部分省份尚未出台作为执法配套文件的执法事项目录或清单。多层执法、多头执法和重复执法等造成了环境执法的碎片化,整体性治理理论对生态环境综合行政执法有一定的指导意义。但是,整体性治理理论解决的是环境执法效率低下的问题,对于生态环境综合行政执法的权责等问题未能贴切解释。要彻底解决环境执法面临的多层执法、多头执法等问题,生态环境综合行政执法需契合科学理性、社会理性和法律理性,不能只兼顾一种理性。从科学层面考察环境问题的成因,明晰生态环境执法需遵循的自然规范;从社会层面考察我国的政治锦标赛和财政分权机制对生态环境执法的影响;从法律层面考察生态环境执法需满足的法律要求。在三重理性的指导下,从实体和程序两方面对目前的生态环境综合行政执法进行检视。从实体方面看,我国生态环境综合行政执法存在着主体的执法资格不明、执法机构权责不一致、执法范围界定不清和执法事项类型不明确的问题;从程序方面看,我国生态环境综合行政执法缺乏规范的执法程序和执法标准,执法机构与行业管理部门的协调不顺畅,与同级政府之间的衔接机制亦不完善。存在这些实体性和程序性问题是因为目前的生态环境综合行政执法并未与三重理性完全契合。针对生态环境综合行政执法的实体性和程序性问题,结合三重理性的要求,基于实体和程序两方面提出完善我国生态环境综合行政执法的途径。实体内容方面,具有执法资格的主体是对法律理性中的行政职权法定原则的回应,生态环境综合行政执法主体需要在法律、法规中进行明确;法律理性也要求执法机构的权责一致性,目前省、市级生态环境综合行政执法机构权责清晰,对于县级生态环境分局的执法权问题需在修法时论证是否部分授权;执法范围的划定需考虑科学理性,一方面要将环境科学上的物质污染和能量干扰分开,生态环境综合行政执法范围仅为物质污染导致的执法事项,另一方面要将生态保护执法与自然资源执法区分;执法事项类型应明确为行政处罚、行政强制和行政检查三种类型。程序事项则包括规范的执法程序和执法标准、与行业管理部门的协调机制和同级政府的衔接机制。程序性事项的设立是对法律理性中行政程序正当原则的回应,也可在一定程度上促进地方政府进行环境治理,避免社会结构下为发展经济忽视环境保护。