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DNA多态性是发展分子标记的基础,广泛使用在水稻基因定位和分子育种的工作中。本项工作利用粳稻品种日本晴和籼稻品种93-11的全基因组序列构建水稻全基因组DNA多态性数据库。首先以93―11序列做为查询源,对日本晴序列进行BLASTN的搜索与识别同源序列。在得出初步锚定的两基因组信息后,使用MUMmer3.0来寻找两基因组间的DNA多态性构建了初步的水稻DNA多态数据库。最后去除一部分匹配性较低的多态性关联信息并根据日本睛BAC克隆在染色体上位置顺序对数据库中多态性位点进行排序从而构建成最终的水稻两亚