背景:胃腺癌（Gastric adenocarcinoma,GAC）是一种常见的胃癌类型,在全球范围内对公众健康构成重大威胁。早期胃癌在采取手术治疗后,5年生存率能达到90.9%～100%,但对于晚期胃癌,即便及时采取了综合治疗,5年生存率仍旧不到30%。在中国,大多数患者确诊胃癌已为中晚期,在中国,胃癌在2020年的新发病人数有47.9万,死亡人数达37.4万,分别占全球的43.9%和48.6%。现如今针对胃癌的治疗仍是手术为主,辅以术后放化疗或免疫治疗。但总体来说,治疗效果仍不甚理想。目的:本研究旨在探讨胃腺癌（GAC）的转录调控机制,为胃腺癌的治疗寻找新的靶点,同时构建疾病的预后模型并研究相关的致病机制,及其在化疗药物治疗方案中的选择予以探索。材料与方法:数据下载:首先我们从TCGA数据库采集胃癌HTSeq-FPKM原始数据。随后,利用R语言中的limma包对差异基因（DEGs）进行鉴定;筛选目的基因:使用R对患者的正常和肿瘤组织中的差异甲基化基因（DMGs）、差异基因（DEGs）和microRNAs（miRNAs）进行筛选和比较。使用GO和京都基因与KEGG分析工具对各种DEGs、DMGs、启动子甲基化和miRNAs进行功能富集分析;预后模型的构建及验证:使用ENCODE ChIP-seq分析DEGs特异性甲基化和转录因子。结果:通过差异分析,我们鉴定出1426个差异表达基因（507个下调基因和919个上调基因）,4640个差异miRNA靶基因（1160个下调基因和3480个上调基因）,2059个差异甲基化基因。并对DEGs、DMGs和miRNAs的靶基因及启动子甲基化进行GO和KEGG富集分析;构建了 DEGs、启动子甲基化和miRNAs的整合调控网络,其中差异表达基因（ADAM12,TFAP2A等）和miRNA（hsa-mir-1、hsa-mir-133a等）分别在整合调控网络中发挥重要作用。因此,这些DEGs、DMGs、启动子甲基化和miRNAs可能对GAC疾病的发生发展至关重要。结论:本研究通过挖掘TCGA胃癌转录组测序及miRNA测序数据,鉴定出1426个差异表达基因,4640个差异miRNA靶基因,2059个差异甲基化基因。差异基因、差异miRNA靶基因、差异甲基化基因功能富集及KEGG通路分析揭示这些差异分子的细胞学组分、分子功能、可能参与的生物学过程以及富集的通路,为后续继续深入研究这些分子在胃癌中的作用打下基础。我们通过整合分析构建了差异甲基化基因、差异miRNA、差异基因调节网络,并详细讨论了调节网络中关键分子的功能。接着,我们构建了 5基因（ADAM12、CDH19、RIMS1、SHOX2和IGF2BP1）的风险预后模型。ROC曲线、列线图表明此模型具有较好的预测效果。单因素、多因素分析表明此模型是胃癌病人预后的独立危险因素。最后,我们对关键分子进行生存曲线绘制,得到与胃癌预后相关的分子,为下一步临床和基础研究奠定基础。