慢性粒细胞白血病K562细胞适配子的筛选、鉴定与结构分析

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目的:利用SELEX技术筛选、鉴定出慢性粒细胞白血病K562细胞的寡核苷酸适配子,测定出ssDNA文库与K562细胞的结合率,并对克隆适配子进行一级结构同源性分析和二级结构预测,为白血病的基因诊断和靶向基因治疗奠定实验基础。方法:体外合成长度为88个碱基的随机单链DNA(ssDNA)文库,采用生物素-链霉亲和素磁珠法制备次级文库,以正常人血液中提取的中性粒细胞为反筛细胞,利用SELEX技术筛选出与慢性粒细胞白血病K562细胞特异结合的适配子。将筛选得到的适配子回收纯化后连接pGEM-T质粒载体,经蓝白筛选后,随机挑选24个克隆子进行序列测定。采用荧光标记引物法检测ssDNA文库与K562细胞的亲和力,并用DNAMAN软件对适配子序列进行一级结构同源性分析和二级结构预测。结果:SELEX筛选产物PCR扩增时最佳退火温度为45℃;每轮筛选的模板含量和循环次数都各不相同;琼脂糖凝胶电泳结果显示,电泳条带随SELEX轮数的增加逐渐变细变致密。经过13轮筛选,慢性粒细胞白血病K562细胞适配子的结合率不断增高,适配子的吸光度A值从0.12上升到1.25,至第13轮A值无明显增高。测序结果显示,绝大部分适配子与预期片段长度相同,但有几个适配子短于预期片段长度。一级结构分析发现无同源序列,但可分为6个家族(family),其中5个家族各自具有保守序列,家族6无保守序列。二级结构分析表明:适配子形成的茎环、凸环结构可能是与K562细胞特异性结合的结构基础。24个克隆适配子中,第10号适配子与慢性粒细胞白血病K562细胞的结合率最高,为45.2%,而与正常人血液中提取的中性粒细胞的结合率仅为2.8%。结论:1、利用SELEX技术从体外构建的88 nt的ssDNA文库中成功筛选出高亲和力、高特异性的慢性粒细胞白血病K562细胞适配子;2、成功测出ssDNA文库与慢性粒细胞白血病K562细胞的结合率;3、成功将第13轮筛选得到的适配子群进行克隆、测序;4、成功测出克隆适配子与慢性粒细胞白血病K562细胞的结合率;5、推测适配子形成的茎环、凸环结构可能是与慢性粒细胞白血病K562细胞特异性结合的结构基础。
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