建立自然保护区是我国保护生物多样性最重要的途径之一。我国自然保护区的建设始于1956年，经过50年的建设，取得了突出的成绩，但我国自然保护区对物种的保护效果如何至今是不确定的，也是一个研究空白。本研究首先分析了我国自然保护区的发展历程，进而总结与概括了每个自然保护区发展阶段的建设理念、主要政策和措施、保护区建设成就及重要事件；然后利用我国172个自然保护区的物种数据对我国自然保护区的物种保护效果进行了研究；并研究了我国国家级自然保护区对国家重点保护动植物的保护状况；总结分析了我国重要珍惜濒危15类群的保护情况和濒危物种的拯救情况；最后对我国生物多样性保护的重要区西南地区的物种多样性保护效果进行了研究，以期对我国自然保护区的规划与管理提供一些依据。主要得到的研究结果如下：　　 1.自然保护区的发展经历了三个阶段：起步阶段(1956-1966年)、停滞与恢复阶段(1967-1984年)、发展阶段(1985-2006年)。　　 2.通过统计分析发现，随着自然保护区的增加，受保护的野生动物(植物)物种总数呈现对数增长的趋势。由此通过对172个自然保护区脊椎动物(高等植物)物种的统计，得到我国受保护的野生脊椎动物物种总数为5071种，为我国野生脊椎动物物种总数6347种的79.9％；受保护的野生高等植物物种(包括种子植物、被子植物、蕨类和苔藓等)总数为32000多种。　　 3.在我国国家级自然保护区中，得到保护的国家重点保护动物共200种，是国家重点保护动物总数的77.8％，其中保护的1级保护动物82种，保护比例为85.4％，2级保护动物118种，保护比例为73.3％；得到保护的国家重点保护植物共184种，为国家重点保护植物总数的72.4％，其中保护的1级保护植物39种，保护比例为76.5％，2级保护植物145种，保护比例为71.4％。　　 4.我国西南地区受保护的野生脊椎动物物种总数为2426种，为我国野生脊椎动物物种总数6347种的38.2％；受保护的野生高等植物物种总数为20965种，是我国野生高等植物物种总数近40000种的52％。在自然保护区的总面积为150万公顷以下时，受保护的动物(植物)物种总数与自然保护区的总面积呈现显著直线正相关关系，当总面积大于150万公顷时，受保护的动物(植物)物种总数增加不明显，因此要增建扩建自然保护区，应从保护珍稀濒危野生物种的角度考虑。在我国西南地区自然保护区中，得到保护的国家重点保护动物共119种，是国家重点保护动物总数的46.3％，其中1级保护动物42种，2级保护动物77种；得到保护的国家重点保护植物共138种，为国家重点保护植物总数的54.3％，其中1级保护植物29种，2级保护植物109种。