农业企业对农村经济发展与农民增收的带动作用越来越强,农业企业的快速可持续发展对“三农”问题的有效解决具有重要意义。农业企业担负着开拓市场、技术创新、引导和组织基地生产与农户经营的重任,其经营效率的高低不仅关系农业企业本身的发展,还会影响到农业产业政策的制定和贯彻实施。因此,本研究首先在文献回顾的基础上,设计农业企业的投入与产出指标,然后基于14家农业类上市公司、2001-2013年的年报数据,利用DEA法评价14家农业类上市公司的经营效率；接着设计农业企业经营效率的潜在影响因素,并以此为解释变量,分别以纯技术效率、规模效率和综合效率为被解释变量,识别三种效率的关键影响因素；最后,在农业上市公司效率评价及关键影响因素识别结果的基础上,提出农业企业经营效率的优化措施,为其他农业企业提供经验借鉴和理论参考。经过本文的理论分析与实证研究得到主要结论为：第一,综合经营效率的关键影响因素识别结果。营运能力、人力资本、高管持股比例、研发投入强度对样本农业类上市公司的综合经营效率具有显著的正向影响；而多元化程度、国有持股比例对样本农业类上市公司的综合经营效率具有显著的负面影响。第二,技术效率的关键影响因素识别结果。企业规模、营运能力、人力资本、高管持股比例、研发投入强度对农业类上市公司技术效率具有显著的正向影响；而多元化程度对农业企业技术效率则具有显著的负面影响。第三,规模效率的关键影响因素识别结果。权益负债比率、高管持股比例、营运能力对样本农业类上市公司经营效率产生显著的正向影响；而成立年限、国有持股比例、多元化程度对农业企业内部经营的规模效率具有显著的负面影响。