追求一流的学科或科研的卓越是世界各国大学发展的新观念,如何建成一批世界一流大学、世界一流学科已成为我国高等教育发展的一个重要方向。引文索引数据库是学科评价过程中的有效工具,ESI数据库是学科排名的工具,我们一般将ESI前1%的大学和学科视为“一流”。但是,我国对ESI数据库的研究长期以来越过了对ESI数据库的元评价。只有理性地认识ESI数据库,才能发挥其功能与作用,更好地推动我国“双一流”建设的进程。本研究试从引文索引数据库本身的合理性、国内应用的合理性两个角度展开研究。在理论上,从马克斯·韦伯的合理性理论出发,立足引文索引数据库的功能、合理性与局限性,分析了引文索引数据库在我国重点学科建设的历史背景下应用于学科排名的工具性。在实践上,结合Y大学应用ESI数据库的个案研究,针对性地提出我国高校应用引文索引数据库的问题与改进策略。从Y大学“学科办”教师的深度访谈中,我们了解到ESI数据库在技术上依赖于InCites数据库,导致潜力值计算的不精确,以及对合作论文作者贡献度没有区分引起的“被引频次”重复计算等问题。但是从实质合理性出发,应用人员普遍认同ESI数据库的应用能够推动学科建设,而且Y大学材料科学潜力值从未购入ESI数据库之前的0.572提升到了1.106,但是应用人员基于统计的数据分析不仅掩盖了学科结构的不平衡,在现实中还刻意筛选热门学科而回避自己的劣势学科,是有违平均主义的。从Y大学为提升材料科学的学科排名甚至设想从原本的化工学院中划分出一个独立的材料科学学院来看,Y大学已经被限定在ESI学科分类的话语体系中无法自拔了。通过引文索引数据库的整体合理性分析与Y大学的个案研究,我们发现,现实中引文索引数据库存在的问题主要有:(1)先分类后排名将论文同质化,将同一期刊上的论文质量同质化、所属学科同质化是与现实情况不符的,也不利于学科的交叉融合发展;(2)被引频次将引证关系同质化,即引文索引数据库将文献间的引证关系通过“被引频次”的方式表现出来后,使原本文献间必然的联系在质性上难以区分;(3)科研人员缺位;(4)功能本末倒置;(5)引文失范行为。对此,我们应该发挥科研人员应用引文索引数据库的主体性,相信科研人员的学术理性,并建立引文规范机制,约束国内引文索引数据库应用人员的行为。我们在追求量的累积的道路上距离质的卓越越走越远,我们应该给学科的自由发展留有余地。