我国是农业大国，农业生产关系到国民的衣食保障，农业是国民经济的基础产业，农业必须适应其他产业甚至整个经济的发展。农业的重要性日益明显，也越来越受到学术界的关注，农业产业结构调整已经成为了研究农业发展的核心。农业结构调整过程尽管受到来自多方面因素的影响和制约，但适应经济发展是其必然结果，农业结构调整规律就是在适应与不适应的矛盾中形成的。由于受到经济利益支配，调整势必在不断的变化中前进，过去不会长久，未来也不是一成不变，这就是农业结构需要不断调整的基本动因。本文针对1985年以后的新疆农业相关数据进行分析，运用结构相似度、信息熵、生产效率等分析方法，研究了新疆农业产业结构的三大特征并指出其结构中存在的相关问题，基于这些问题的特点，确定了以研究种植业的结构调整与畜牧业的效应分析为重心的研究思路，研究出了新疆种植业的土地资源再分配方案以及畜牧业发展方向方案，这对于制定合理有效的产业结构调整政策，切实推进新疆农业和农村经济的发展有着重要的意义和价值。主要研究工作有以下几点：1.采用理论和量化分析，评价了新疆农业产业结构的现状：新疆主要的土地资源用于种植业；畜牧业对应的牧草地面积丰富，但产出较低；林业、渔业资源匮乏。从历史角度入手，分析了新疆农业历年来的数据，挖掘出新疆农业产业结构的三大特征（稳定性、协调性、效率性）存在一定的问题：农业及农业内的种植业和畜牧业结构不稳定；新疆农业的产值和劳动力投入协调性差；新疆农业劳动力效率低于其他产业。2.基于新疆农业产业结构存在的问题，确立了以种植业和畜牧业为研究的重点。种植业在土地资源、水资源、社会需求约束下建立了非线性规划模型，以得到产出最大、效率最高的资源分配方案。畜牧业从投入和产出两个层面上分析了投入因素和产出因素对新疆畜牧业效应分析，从而找到更稳定、发展速度更快的调整方案。综上所述，本文分析了新疆农业产业结构调整的现状、结构特征、结构调整以及结构的效应，确定了新疆农业产业结构调整的关键在于如何对有限的资源进行高效率的利用，其核心部分就是提高土地资源和水资源的利用效率，在有限资源的基础之上发展快速、高效、高产的新型农业。本文的研究结论为农业结构战略调整的实际应用、战略性决策以及产业政策的制定提供了科学支持。