CCCTC结合因子(CTCF)是一个高度保守的蛋白,在生物体内广泛表达,它包含有11个非常保守的锌指结构域。CTCF通过其11个锌指与基因组DNA互作而发挥多种生物学功能。已有文章报道CTCF结合序列主要有M1和M2两类,但M1和M2与CTCF的结合能力差异尚未报道。在本研究中,首先诱导表达并纯化了 GST-CTCF-ZFs融合蛋白,用EMSA实验和ChIP-qPCR实验对比了 M1和M2与CTCF的结合能力,为了确定是否存在影响M1和M2结合能力的碱基,对M1和M2做了一系列的突变,检测突变后与CTCF的结合情况。结果表明:1、M1与CTCF-ZFs的结合能力远远强于M2与CTCF-ZFs的结合能力:相同摩尔数的M1与M2与CTCF-ZFs的结合反应,0.2μg的CTCF-ZFs就能与M1形成清晰的结合条带,而M2在CTCF-ZFs蛋白增加到0.6μg才有结合条带出现;M1与CTCF-ZFs结合反应的解离常数(KdM1=1.0 × 10-11 M)小于M2与CTCF-ZFs结合反应的解离常数(KdM2=2.9 × 10-10 M);用100倍未标记生物素的M1能完全竞争掉M2与CTCF-ZFs的结合,而1000倍的未标记生物素的M2对M1与CTCF-ZFs的结合几乎没有竞争作用。2、“TGG”可能对M1与CTCF的结合起关键作用:M1的“TGG”突变成“GTT”后不再与CTCF-ZFs结合,只突变“TGG”的一个或两个碱基或者其他的位点均不影响与CTCF-ZFs的结合。3、M2的每一个位点可能对其结合能力很重要:M2的单个碱基突变后都不再与CTCF-ZFs 结合。