污蝇解壳杆菌(Wohlfahrtiimonas chitiniclastica),简称污蝇杆菌是一种新发现的革兰氏阴性条件致病菌。至今已经在6个国家发现了感染该菌的病例,宿主包括人、鹿、海豚和鲶鱼等。这种细菌可以引起宿主的菌血症以及其他组织感染,其已经在国内被发现,但人们对它的了解还比较少。本课题主要以污蝇杆菌SH04菌株为研究对象,对该菌株的生理生化特性和全基因组测序结果进行了分析,并对两株已测序的污蝇杆菌的基因组进行比较与初步分析,最终建立了污蝇杆菌特异性的快速检测方法。培养该菌株的最佳培养基成分(g/L):酵母浸粉35,NaCl 10;最佳培养条件:pH 6.5-7.0,温度37℃。然后对其生理生化特性进行了分析,结果表明该菌株为革兰氏阴性菌,严格好氧;在Biolog系统包含的95种碳源中,系统判定为阳性的有24种,边缘值的有6种;可以合成氧化酶、过氧化氢酶、蛋白酶和几丁质酶。在30种常用抗生素中,只对万古霉素、克林霉素和苯唑青霉素具有较强的抗性;菌株全细胞水解液中含有meso-DAP;主要的磷脂种类为PE、PS和PG。该菌株基因组中包含1971个CDS。所有CDS总长度为1.88 Mb,占基因组总长度的92.87%,这些CDS平均长度为1002 bp,平均GC含量为44.21%,在经过注释后,有1601个CDS被预测拥有生物学功能。在基因组序列中共找到1套16S/23S/5S rDNA操纵子,45个tRNA基因,50个串联重复序列,48个转座子,18个IS序列以及两处CRISPR序列。对两株已测序的污蝇杆菌的基因组进行分析后发现,它们基因组共线性良好,没有出现大片段的插入、缺失、倒位和异位等现象,两株菌的核心基因组有1786个CDS。在此基础上利用Taqman real-time PCR方法建立了污蝇杆菌的特异性快速检测方法。该方法具有良好的特异性,重复性试验的变异系数均小于2%,灵敏度为19CFU/反应(20 μL反应体系)。