军工科研院所是我国为了保障军事装备现代化建设而设立的一类特殊事业单位，在提升装备建设水平、引领学科创新发展等方面发挥巨大作用，为我国国防建设和国民经济建设做出突出贡献。根据国家关于“做大做强”国企以及军工事业单位改制相关要求，军工科研院所需要在保证原有国家科研任务的基础上，充分利用军民技术转化，实施多元化发展战略，做好面向市场的企业化经营准备。全面预算管理是一种实现企业战略目标的现代化管理工具，通过对企业战略目标的合理分解，统筹规划企业经营业务，发挥全员协同工作效能，充分调配企业资源，实现对战略目标完成路径的全流程管控和保障。　　本文采用理论研究、对比分析以及案例相结合的研究方法，在深入学习全面预算文献和研究成果的基础上，开展全面预算的理论研究，为论文研究奠定理论基础;开展军工科研院所的特点研究，从历史沿革到发展现状，以企业为基点对比分析军工科研院所的管理特点;以Z研究所为案例，梳理Z研究所全面管理现状，结合全面预算理论及研究所实际情况，总结分析实施过程中存在的问题及原因，并提出Z研究所全面预算管理优化建议。　　本文的主要研究结论如下:(1)以全面预算理论基础和相关文献研究为本文立足点。全面预算管理的出现和发展是基于企业经营规模化、专业化的产物，是对委托代理、交易成本、战略管理等理论的呼应，军工科研院所应使用全面预算管理提升战略转型和经营管理水平。(2)以Z研究所全面预算管理应用案例分析为核心。从全面预算体系研究入手，对Z研究所实施全面预算管理全流程中存在问题进行识别，结合Z研究所实际情况，深入分析问题产生的原因。(3)以Z研究所全面预算管理优化建议为指南。针对其应用过程发现的问题，结合前文理论研究，提出合理化可行建议，并建议发散，提升军工科研院所全面预算管理效能。　　本文针对Z研究所进行了个案分析，同时结合军工科研院所特点分析，论文结论对军工科研院所实施和改进全面预算管理提供了经验借鉴。