近年来我国农民专业合作社在党中央的大力倡导支持下迅速发展起来,但总体发展水平还不高,产权安排中存在着各种问题。在《农民专业合作社法》生效之后,建立适应当前我国农业生产力水平的、完善的产权安排,是中国农民专业合作社发展中亟需解决的重大问题。不仅是合理协调合作社社员间利益的关键,更是广大农民增产增收、农业产业升级,保证农村稳定发展的有效途径。本研究从农民专业合作社产权安排相关概念的界定出发,以产权经济学、福利经济学、公共选择经济学理论为基础,通过借鉴西方发达国家合作社产权安排的经典原则和先进经验,总结建国以来我国农业合作化历史进程中合作组织产权安排的有益经验和不利因素,以农民合作社中社员的身份为切入点,分析了我国农民专业合作社产权安排中的主要问题,包括对非社员和新社员的正外部性问题、小股东凭借投票权侵占大股东权益、大股东凭借社区威望和优势股权实施内部人控制问题以及外聘经理人凭借信息优势谋取私利的委托-代理问题。最后以《农民专业合作社法》为依据,从我国国情出发,从国家财政、金融部门和农民专业合作社自身三个角度,提出建立健全合作社产权安排的对策建议。