土地整理实践活动在我国已经开展多年，它通过对农村地区田、水、路、林、村的综合整治，提高了耕地质量，增加了耕地面积，改善了农业生产条件，为现代农业规模经营创造了条件。土地使用权作为用益物权，既是农民的财产，又是创造财产的工具，在国家社会保障制度还不完善的今天还充当着重要的社会保障功能。农民作为农村土地整理的重要利益主体，法律和政策对其权利的保护不容忽视。成功的土地整理应当增加农民土地的财产价值，保障农民的土地生态环境权利，保障并增进农民的民主权利。但是，现行土地整理实践中还存在着诸多侵犯农民权利的现象。例如，在土地整理前存在土地产权模糊、土地价值评价体系不科学、土地承包经营权权属调整管理不足、土地生态环境影响评价不足等问题，在土地整理中忽视了农民的参与权、在施工的过程中也常常侵犯农民的实体权利，在土地整理之后存在政府和村集体经济组织非法强制流转土地承包经营权等。这些现象的存在导致了农民对土地整理的参与热情不高以及土地整理的不可持续发展。通过实地访谈和对现行政策法规的分析相结合的研究方法，探讨了土地整理背景下农民权利的保护的具体对策：在土地整理前要完善地籍管理制度、土地价值等级评价制度、土地权属调整方案以及土地整理规划中的环境影响评价制度，土地整理中要保障农民充分参与的权利和生产生活的权利，最后还要规范土地整理之后的土地承包经营权流转法律制度和完善农村社会保障制度。