蜡皮蜥(Leiolepisreevesii)是蜡皮蜊属中分布最北的一个种,主要分布在中国南部(包括广西、广东和海南)以及越南,是少数分布于热带的地栖鬣蜥科蜥蜴的一种。生境丧失、非法贸易以及人类捕猎使蜡皮蜥数量在近三十年锐减,已被列为濒危动物。本研究采用线粒体基因和微卫星位点两种分子标记,研究蜡皮蜥的遗传多样性以及其种群结构、进化历史和迁移模式。从蜡皮蜥基因库中筛选出25个具有多态性的微卫星位点,各位点等位基因数在2-18之间,观测杂合度0.000-0.938,期望杂合度0.160-0.954。这些微卫星位点有助于我们后续分析蜡皮蜥的基因流、种群结构以及进化历史。从中挑选9个微卫星位点并结合线粒体ND4基因,对采自中国和越南的31个蜡皮蜥地理种群(基本覆盖分布全境)进行研究。线粒体数据分析显示蜡皮蜥种群可分为两支:Clade A和Clade B,分歧时间约为60万年前。Clade B包括海南岛南部的个体,其余个体均属于Clade A。而微卫星数据分析显示Clade A可进一步细分为3组(Group 1来自越南和广西,Group 2来自广东和海南西部,Group 3来自海南东部),来自海南岛南部的CladeB仍单独为一组(Group4)。基于线粒体基因的中性检测和错配分析发现,Group 2这一组在21.7万年前发生过种群扩张。蜡皮蜥种群分歧和扩张的这两个时间,和更新世期间青藏高原以及五指山山脉的隆升时间、海南岛路桥(琼州海峡)沉浮时间相吻合。基因流分析显示,Group 2和Group 3这两个组间交流最为密切,是蜡皮蜥种群基因流交汇区,且没有明确的证据表明蜡皮蜥种群存在偏性扩散现象。五指山、鹦哥岭是阻碍蜡皮蜥种群基因交流的地理屏障,而北部湾和琼州海峡并没有影响其基因交流。由此我们可以得出结论,蜡皮蜥的种群形成和迁移模式,受到更新世期间气候回旋引起的海平面起伏以及阻隔基因流的地理屏障这两者的共同作用。