非编码RNA是一类不编码蛋白质而直接行使结构、催化和调节功能的RNA分子，它广泛存在于生物体的基因组中。长非编码RNA是众多非编码RNA中的一种，具有类似mRNA的结构，至少占生物体10％的poly(A)~+ RNAs。近来研究表明，这类非编码参与众多的生物学过程，如表达调控、基因组印记以及应激反应等。TncRNA是从本室LongSAGE文库中分离得到的一种长非编码RNA，它在猪胎儿骨骼肌发育过程中是上调表达的，且在通城和长白猪妊娠第90天胎儿骨骼肌差异表达。其他物种上的研究表明该非编码RNA在多种病毒感染以及发育相关表达性文库中差异表达，但其基本的分子结构和生物学功能还不清楚。本研究一方面从比较基因组学的角度出发，探求其基本的分子结构、受调控机制以及可能的生物学功能，另一方面，从候选基因的角度，通过染色体定位、SNP检测和群体分型以及初步的性状关联分析，为猪的功能基因组领域积累新的基础资料，为猪的分子标记辅助选择提供新的思路。主要的研究结果如下：1．从本室构建的猪出生前骨骼肌LongSAGE文库中分离到一个非编码RNA，并用猪辐射杂种板将其定位于猪2p14-17，与SW256标记连锁，序列同源性比对分析发现其对应于人类11号染色体上的一个滋养层细胞来源的非编码RNA—TncRNA。克隆了猪TncRNA的全长cDNA和基因组序列，并分析了它的基因组结构和选择性剪接情况。2．生物信息学结果表明TncRNA仅存在于真哺乳亚纲动物中，多序列比对结构显示在真哺乳亚纲动物中，序列的歧化非常大，但他们之间都存在一个200bp的高保守区域。RNA序列的二级结构和功能性位点预测发现该非编码RNA具有异常复杂的二级结构，且存在多个Sm蛋白的结合位点。3．时期表达谱显示TncRNA在中外猪品种胎儿骨骼肌中是上调表达的，并且在品种间差异表达。组织表达谱结果表明该非编码RNA在成年母猪大部分组织中都表达。4．克隆了人类TncRNA的启动子区域，并利用生物信息学获取了多个物种的上游调控区。利用缺失片段构建的报道子表达载体转染人类A549细胞和A204细胞，获取了一个长150 nt的核心启动子区域，并且还发现该启动子区域具有反向启动的活性；多序列比对发现该核心区在物种间是保守的。反式作用因子的预测表明该核心调控区存在Sp1、CREB、HSF2／1等的结合位点，且这些结合位点中，大部分在物种间是完全一致的。抑制Sp1的结合导致转录活性下降72±7％(p＜0.01)。5．在猪TncRNA物种间高度保守的区域检测到3个SNP位点，其中两个完全连锁，应用PCR-RFLP方法检测了完全连锁位点的多态性，并分析了不同猪品种(包括五个中国地方猪品种和两个西方猪品种)的基因型及基因频率。6．在我室与通城县畜牧局合作组建的试验群体中，对上述用PCR-RFLP方法检测的SNP与部分生产性状和免疫性状进行初步的关联分析，结果发现该位点不同基因型个体间的肌肉嫩度、pH1值和血红蛋白浓度差异显著(P＜0.05)，7．成功改造了一个RNAi载体，命名为pSilencer 4.0-CMV-EGFP，初步构建了3个用于沉默TncRNA的载体。