合作社的盈余分配制度是最能反映合作社本质特征的制度设计。我国《农民专业合作社法》在遵循国际合作社盈余分配基本原则的前提下，确立了农民专业合作社按交易量（额）分配盈余的标准，但同时承认资本在合作社发展中的贡献，间接规定了资本报酬的最高限额。按交易量（额）返还盈余是合作社盈余分配遵循的首要标准，坚持按交易量（额）返还盈余表明了对劳动者主体地位的尊重，对弱势群体成员的倾斜性保护和对实质公平的追求。但是，随着合作社的发展壮大，合作社对于资本的报酬的限制也导致了合作社的资本不足，影响了合作社的可持续发展。按交易量（额）分配盈余并没有被大多数合作社所接受，农民专业合作社盈余分配制度正面临着来自实践的巨大挑战。本文试图通过对我国合作社盈余分配制度的检讨，指出其不足，提出相关建议，以便为该项制度的完善提供参考。全文共分六个部分，主要内容如下：第一部分从对于农民专业合作社的介绍入手，对农民专业合作社的法律概念、性质及反映合作社本质的特征（成员民主管理、按交易量返还盈余、资本报酬有限）等问题进行了探讨。进而对农民专业合作社盈余分配的概念和特征进行了考察，最后，就合作社盈余分配制度蕴含的公平与效率价值冲突及平衡问题进行了论述。第二部分分析了农民专业合作社盈余分配的主体，包括分配主体及分配接受主体。在合作社中，理事会是盈余分配主体，享有分配的职权；合作社成员则构成了盈余分配主要的接受主体。第三部分对作为合作社分配对象的可分配盈余进行了专门的探讨。合作社盈余分配的对象是可分配盈余，所谓可分配盈余就是在合作社盈余中，弥补亏损、提取公积金后剩余的那部分盈余。因为提取公积金是合作社盈余分配中非常重要的一个环节，所以，本部分还对公积金的提取方式、公积金的归属、公积金的分割等问题进行了讨论。第四部分专门讨论了合作社盈余分配的标准问题。按交易量（额）返还盈余与按股分红是合作社的两种分配标准。按交易量（额）返还盈余的规定在实践中远远没有成为合作社的普遍做法，我国按交易量（额）返还盈余的僵硬规定势必将成为合作社发展的“绊脚石”。笔者认为，在坚持资本报酬有限原则的前提下，可以借鉴发达国家农业合作社的做法，以缓解合作社资本需求的紧张。第五部分着重介绍盈余分配的程序构建。该部分以动态视角从盈余分配的决策、执行、监督等方面，对合作社盈余分配制度进行了论述。盈余分配牵扯到每个成员的切身利益，必须从每一环节保障盈余分配公平地实现。第六部分在本文研究的基础上，给出我国合作社盈余分配制度完善的相关建议。