从福建省各县市2009-2010年每月流行病学调查中检测到的H9阳性样品中分离到CK 1 FJ 2010H9和CK 2 FJ 2010H9两株禽流感病毒(AIV)。经血凝抑制试验(HI)、基因组序列测定,结果表明,本研究分离到的2株毒株为H9亚型禽流感病毒。根据GenBank中收录的H9亚型AIV的8个基因序列,利用Primer 5.0软件分别设计合成相应的反转录引物和扩增引物,其中HA、PB1、PB2、PA基因分成两段扩增。提取尿囊液病毒RNA,运用RT-PCR分别成功扩增到2株H9亚型禽流感病毒的8个基因,并分别连接到pMD18-T载体上,转化到DH5α感受态细胞,提取质粒,进行PCR鉴定及其序列测定。结果表明:1、本研究所分离到的2株H9亚型禽流感病毒均属于典型的低致病性禽流感病毒模式,且均具有与人流感病毒受体结合的倾向。2、本研究成功扩增和克隆到2株我省H9亚型禽流感病毒的全基因组序列。HA、NA、M、NS、NP、PB1、PB2、PA 8个基因片段,核苷酸长度分别为1742bp、1463bp(CK 2 FJ 2010H9分离株为1454bp)、1027bp、890bp、1565bp、2341bp、2341bp和2233bp,均含有相应基因的完整开放阅读框,并分别编码560、469(CK 2 FJ 2010H9分离株为466)、350、339、498、757、759和716个氨基酸。HA裂解位点附近的氨基酸序列均为PSRSSR↓G,具有典型的低致病性禽流感病毒的特点。在HA肽链上,CK 1 FJ 2010H9分离株有7个保守的潜在糖基化位点,而CK 2 FJ 2010H9分离株有6个潜在的糖基化位点。在决定宿主特异性受体结合位点的226位位点上的氨基酸均为亮氨酸(L),均具有与人流感病毒受体结合的倾向。但CK 2 FJ 2010H9分离株比CK 1 FJ 2010H9分离株可能更倾向与人流感病毒受体结合,对人更具有易感性。在NA肽链上,CK 1 FJ 2010H9分离株不存在颈部缺失,有7个保守的潜在糖基化位点,而CK 2 FJ 2010H9分离株在第62位点由于3个氨基酸缺失导致缺失一个糖基化位点,只有6个潜在的糖基化位点。3、对我省2株H9亚型AIV分离株的全基因组进行同源性和遗传演化分析,结果表明,2株H9亚型禽流感病毒分离株HA、NA、M、NS、NP、PB1、PB2、PA 8个基因核苷酸同源性分别为94.6%、86.8%、95.6%、94.6%、94.9%、88.5%、95.5%、88.0%,其之间的HA、M、NS、NP、PB2基因的核苷酸具有较高的同源性。遗传进化分析,结果表明,这2株H9亚型AIV分离株的HA基因属于A/Duck/Hong Kong/Y280/97分支上,说明福建省2010年范围内存在的H9亚型AIV可能来源于同一祖先。PB2基因独自处于一分支,不在欧亚代表毒株亚群分支上,推测该基因可能来源于未知野禽毒株。CK 1 FJ 2010H9和CK 2 FJ 2010H9这2株分离毒株是2010年分离于我省的不同地区,地缘关系远,其每个毒株的8个基因,在遗传进化树上的分支不具有统一性,推测这2株毒株可能是由于从不同禽流感病毒毒株获得了某些基因片段而发生基因重排。