近年，我国南部及越南北部发生一种新的水稻病毒病害，引起水稻植株矮缩等症状，导致水稻减产甚至绝收。本研究室先前的研究认为该病害的病原应斐济病毒属（Fijivirus）一个新种，并命名为南方水稻黑条矮缩病毒（Southern rice black-streakeddwarf virus，SRBSDV）。该病毒基因组由10条dsRNA组成，本研究室已报道了该病毒海南分离物基因组两个片段(S9和S10)全长核苷酸序列。本研究采用分段克隆策略，测定了SRBSDV海南分离物的S1-S8全长序列，核苷酸及其推导编码产物氨基酸序列分析进一步支持该病毒应为斐济病毒属新种的观点。　　 SRBSDV海南分离物S1-S8的全长为4500bp至1928bp，共有25426个核苷酸，G+C含量为32.0％-38.4％，与斐济病毒属其它种相似（31％-39％）。S1-S8各片段5’末端保守序列为5’-AAGTTTTT-3’，3’末端保守序列为5’- CAGCTGNNGTC-3’，紧邻末端保守序列的是7-9个核苷酸长度的反向重复序列，其结构特点符合斐济病毒属的典型特征。SRBSDV(HN) S1-S8全长序列同RBSDV不同分离物的核苷酸序列同一率为66.O％(S8)-79.O％(S2)，远远小于RBSDV不同分离之间的同源性(93.6％-100.0％)，基于核苷酸及其推导产物氨基酸序列构建的进化树显示：SRBSDV处于斐济病毒属一个独立分支，位于RBSDV和MRCV之间。这些结果进一步确定了SRBSDV为斐济病毒属的一个新种。　　 本研究还根据获得的SRBSDV S1-S10全长序列设计了20多对引物，经过引物筛选、体系优化、反应程序优化之后，采用两对引物：S5-F1/S5-R2、S10-oF/S10-oR，建立了SRBSDV的一步法RT-PCR检测方法。对广东、海南、湖南、安徽等地采集的水稻、玉米及白背飞虱进行了SRBSDV的一步法RT-PCR检测及测序分析。结果表明，该检测方法可准确特异地检测出阳性样品中的SRBSDV。测序后经BLAST比对发现，我国各地SRBSDV CP基因高度保守，同一率在98％以上。