福建农林大学育成的福建野生稻新型雄性不育细胞质源(CMS-FA)杂交稻,简称新质源杂交稻,是一个全新的遗传系统,其细胞质类型、保持系来源和恢保关系与野败型、红莲型等细胞质源的三系法杂交稻不同。深入探讨新质源杂交稻细胞质雄性不育恢复基因的遗传,以及对新质源杂交稻亲本资源展开系统的遗传多样性研究,是新质源杂交稻育种系统的重要内容之一。本研究分别从农艺性状和SSR分子标记两方面系统分析了新质源杂交稻种质资源的遗传多样性;同时利用分子标记技术,对新质源杂交稻细胞质雄性不育恢复基因进行了初步定位。研究结果如下:1、考查了新质源杂交稻遗传系统的90份种质资源的8个主要农艺性状,并利用DPS软件进行聚类分析。当卡方值距离为5.87时,将90份供试材料分为3大类群,分别由66、23和1份材料组成;当卡方值距离为4.20时,第Ⅰ类可分出两个亚类,分别由25和41份供试材料组成;第Ⅱ类也分为两个亚类,分别由20和3份供试材料组成。当卡方值距离为5.10时,可将59份主要亲本材料分为两大类群分别包括36份和23份材料。同时,新质源杂交稻的所有不育系和部分恢复系均被分在第Ⅰ类群,而大部分恢复系则归为第Ⅱ类群。每个类群都有明显的形态差异,但亚类间的形态差异则较小。2、利用中国水稻所推荐的24对SSR引物,对90份种质资源进行了遗传多样性和遗传距离分析。其中22对引物检测有多态,多态率为91.67%,共检测出87个等位位点,单个引物检测等位位点数在3-6之间,每个引物平均3.95个,引物的多态信息量分别从0.1865-0.6859不等,平均为0.4415。通过NTSYS2.10e软件进行SHAN聚类分析,当相似系数为0.81时,90份供试材料可区分为两个类群,其中第Ⅰ类包含了 89份材料,第二类则只包含1个品种;而在相似系数为0.75时,所有的供试材料可分为四个类群,其中第Ⅰ类包含了 87份材料,几乎包含了所有供试的材料,剩下的3份材料归为3个类群。这与形态学分类结果存在部分差异,主要原因可能是考查的农艺性状数量太少,不能完全从本质上代表新质源杂交稻亲本的遗传多样性。3、利用SSR标记扩增结果,对90份新质源杂交稻种质资源进行主成分分析。结果显示,第一主成分可以解释95.56%的总遗传变异,除个别材料(54号和88号)偏离群体中心,各材料在各类群中分布比较密集,这与SSR分子标记聚类的结果基本一致。根据SHAN聚类的结果,将59份亲本材料分为3个类群,分析三个类群的等位基因数、有效等位基因数、基因多样性和多样性指数等4个遗传多样性参数值,3个类群的遗传多样性水平表现为Ⅰ>Ⅱ>Ⅲ。新质源杂交稻亲本资源的总遗传多样性指数较高,各类群间的遗传多样性指数相对较低,群体间遗传分化度高。4、根据R402-6/Acc8558杂交F2代群体的遗传分析表明,新质源杂交稻细胞质雄性不育恢复基因由1对显性基因控制,暂时将该基因命名为Rf-FA。利用SSR分子标记技术结合BSA法,将该恢复基因定位于10号染色体上,初步定位结果显示,恢复基因Rf-FA定位在第10号染色体两个SSR标记RM467和RM596的同一侧,两个标记与目标基因的遗传距离分别为13.5cM和5.7cM。