本研究以全国10个地区30个甘薯主栽品种为材料，对甘薯RAPD和AFLP指纹图谱的构建进行了探讨。从102个RAPD引物中筛选出26个多态性丰富的引物用于PCR扩增，共扩增出255条多态性条带，平均每个引物扩增的多态性带数为9.8条。其中S32和S39多态性最高，仅用其中一个引物就能将这30个甘薯品种完全区分开，且由此构建的指纹图谱出现的概率都很小，依次为4.77×10-7(1/221)和1.91×10-6(1/219)。根据扩增结果，表明这30个甘薯品种的遗传距离变异幅度较大，为0.0390～0.4306，平均遗传距离为0.3086；福建地区内甘薯品种间遗传变异程度最高，且福建地区主栽品种与其他地区主栽品种间遗传变异程度也最大，其次为广东地区。RAPD聚类结果表明，来自广东的3个品种，北京的2个品种和山东的4个品种分别被聚在同一组群中；具有同一亲本的北京553、栗子香和烟薯16聚在同一组群，阜24-4与其亲本皖薯1号聚在同一组群，鲁薯3号、鲁薯7号与其亲本徐薯18聚在同一组群，这与系谱图基本吻合。 从49对AFLP引物中筛选出4对引物，即E(2)/M(1)、E(4)/M(3)、E(5)/M(1)、E(6)/M(5)，共扩增出86条多态性带，平均每对引物产生21条多态性带。这4对AFLP引物中的每一对引物都能独立区分开相同的25个品种，因此，可利用这4对引物分别构建25个甘薯主栽品种的AFLP指纹图谱。根据这4对引物的扩增结果对30个甘薯品种进行遗传多样性分析，表明甘薯主栽品种在AFLP水平上存在较大变异，其遗传距离变异幅度为0～1.0266，平均遗传距离为0.4848。对不同地区甘薯品种间的平均遗传距离进行比较分析，发现福建地区内甘薯品种间遗传变异程度为最高，与RAPD结果相一致；广东地区主栽品种与其他地区主栽品种间遗传变异程度为最大，福建地区次之。AFLP聚类结果表明，地域分布相近和具有亲缘关系的品种首先被聚在一组，与甘薯系谱图基本吻合。