目的：　　急性呼吸道感染是婴幼儿发病和死亡的主要原因之一，小RNA病毒（主要是鼻病毒和肠道病毒）和人冠状病毒(HCoV)在儿童急性呼吸道感染中有重要意义。急性呼吸道感染住院儿童鼻病毒感染率居第2位，仅次于呼吸道合胞病毒;肠道病毒型别众多，其与呼吸道感染关联性尚不十分清楚，近年肠道病毒D68型因在欧美爆发流行并引起重症呼吸道感染而受到高度关注。除SARS-CoV与MERS-CoV外，其他常见的4种HCoV也是引起急性呼吸道感染的重要病原，但国内有关急性呼吸道感染住院患儿中人冠状病毒感染的分析报道较为少见。　　方法：　　本文收集中国2个最大城市急性呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本700份（北京259份、上海441份），首先对所有样本进行常见呼吸道病毒的分子检测与分析，包括流感A和B、副流感1-3、腺病毒、呼吸道合胞病毒、博卡病毒、偏肺病毒、小RNA病毒（鼻病毒和肠道病毒）和人冠状病毒。然后重点对小RNA病毒（鼻病毒和肠道病毒）以及人冠状病毒进行基于序列分析的分子分型检测。鼻病毒筛查阳性样本用VP4-VP2引物分型;肠道病毒筛查阳性样本用VP3/VP1引物分型。冠状病毒用RdRp通用引物检测，阳性样本测序后确定型别。同时，还进行了感染人群的年龄、性别与季节及临床症状等特点的比较分析。　　结果：　　1.北京259份样本中，呼吸道病毒检出阳性例数为238（检出率91.9％）;其中，病毒检出率最高的是RSV(52.9％)，其次为小RNA病毒（包括鼻病毒和肠道病毒，35.9％）、人冠状病毒(18.9％)。上海441份样本中，呼吸道病毒检出阳性例数为309(检出率为70.1％);其中，检出率最高的是小RNA病毒(33.6％)，其次为博卡病毒(17.7％)。经分析发现，两地RSV、HCoVs以及hMPV检出率的差异有统计学意义(P＜0.01)，均是北京地区的检出率高于上海地区。　　2.北京地区259份样本中，5-UTR筛查鼻病毒阳性89例，用VP4-VP2分型测序确定A型39例(48.1％)、B型4例(4.9％)、C型38例(46.9％)。上海441份样本，5，-UTR筛查鼻病毒阳性132例，可用VP4-VP2分型测序确定A型70例(63.1％)、B型10例(9.0％)、C型31例(27.9％)。北京C型阳性率明显高于上海(P=0.0007)。北京A型检出高峰是在2009年秋季，C型检出高峰在2009年冬季，上海A型检测高峰在2013年9月（秋季），C型高峰在2013年10月（秋季）。两地的鼻病毒阳性样本中与其它常见呼吸道病毒存在较高的合并感染率;不同型别鼻病毒感染的临床症状无差异。　　3.北京检出肠道病毒4例，可通过VP3/VP1分型测序确定B型1例(25.0％)、C型2例(50.0％)、D型1例(25.0％);上海检出肠道病毒21例，可通过VP3/VP1分型测序确定A型10例(52.6％)、B型2例(10.5％)、C型3例(15.8％)、D型4例(21.1％)。肠道病毒D型均为D68，临床诊断均为肺炎。上海地区肠道病毒检出高峰在2013年7月（夏季）。　　4.北京样本检出人冠状病毒49例，其中HCoV-OC43为40例(15.4％，40/259)、HCoV-229E为1例(0.4％，1/259)、HCoV-NL63为3例(1.2％，3/259)、HCoV-HKU1为5例(1.9％，5/259)。上海冠状病毒检出26例，19例存在合并感染;其中HCoV-OC43为19例(4.3％，19/441)、HCoV-229E为2例(0.4％，2/441)、HCoV-NL63为4例(0.9％，4/441)、HCoV-HKU1为1例(0.2％，1/441)。北京地区OC43和HKU1的检出率都高于上海。序列分析结果提示HCoV-OC43主要为D型感染，HKU1主要为A型感染。北京OC43感染高峰是在春季和秋季，上海OC43感染高峰出现在2013年8月（夏季）。不同型别HCoV感染临床症状无明显差别。　　结论：　　在北京与上海市急性呼吸道感染住院儿童中，小RNA病毒（鼻病毒和肠道病毒）及冠状病毒皆是重要病原，其中鼻病毒感染率远高于肠道病毒，新发现的鼻病毒C型感染率仅次于A型，而肠道病毒D68也在急性呼吸道感染患儿中检出。在4种检出的人冠状病毒中，HCoV-OC43检出率较高，主要流行株为D型。我们的研究结果为中国小RNA病毒和人冠状病毒感染的分子流行病学研究及急性呼吸道感染住院儿童的临床诊治与相关传染病的防控提供了重要参考资料。