为了解宁夏不同枸杞（Lycium barbarum L.）品种根际土壤微生物群落多样性差异,以主栽枸杞宁杞1号（NQ1）、宁杞5号（NQ5）、宁杞7号（NQ7）、宁杞9号（NQ9）、黑枸杞（BCW）和黄枸杞（YCW）为研究材料,采用MiseqPE300高通量测序方法,将根际土壤进行细菌（16S）、古菌和真菌（ITS1）微生物群落多样性分析,利用QPCR技术挖掘根际土壤phoD和nifH功能基因多样性,分析物种组成多样性、丰富度及物种群落结构多样性,并将菌群与土壤因子做相关分析。研究结果如下:（1）细菌门类主要有变形菌门（23.06%～34.17%）、放线菌门（15.21%～25.18%）、绿弯菌门（9.12%～17.91%）、芽单胞菌门（8.08%～13.91%）和酸杆菌门（6.82%～12.00%）,种群丰度表现为 NQ9＞NQ5＞NQ1＞BCW＞YCW＞NQ7,多样性表现为 NQ9＞NQ7＞NQ1＞NQ5＞BCW＞YCW。细菌群落属水平中,未鉴别和身份不明菌属为主要菌属,说明细菌群落在属水平上还有绝大部分新的物种待研究。MND1、TX1A-55和Woeseia为优势菌属。FastUniFrac分析表明,NQ7与YCW群落结构差异性最大,NQ9和BCW最小。（2）古菌门类主要有泉古菌门（30.59%～69.77%）、热原体菌门（28.73%～59.16%）和嗜盐菌门（0.63%～9.84%）,种群丰度均表现为YCW＞NQ9＞BCW＞NQ1＞NQ5＞NQ7,多样性均表现为YCW＞NQ9＞BCW＞NQ1＞NQ5＞NQ7。古菌群落属水平中,未鉴别和身份不明菌属为主要菌属,说明古菌群落在属水平上还有绝大部分新的物种待研究;Candidatus Nitrocosmicus和CandidatusNitrososphaera为优势菌属。FastUniFrac分析表明,NQ1与NQ5群落结构差异性最大,NQ9与YCW最小。（3）真菌门类主要有子囊菌门（50.10%～83.15%）、unidentified（6.86%～12.20%）、被孢霉门（1.91%～16.16%）和担子菌门（1.54%～34.03%）,种群丰富度表现为NQ1＞NQ9＞NQ7＞NQ5＞BCW＞YCW,多样性表现为 NQ9＞NQ7＞NQ5＞NQ1＞YCW＞BCW。真菌群落属水平中,unidentified、廯囊腔菌、瓶毛壳、枝顶孢属和被孢霉属为主要菌属,其中unidentified菌属含量占比为36.48%～59.91%,说明真菌群落在属水平上还有绝大部分新的物种待研究;廯囊腔菌、瓶毛壳和枝顶孢属为优势菌属。FastUniFrac分析表明,NQ5与YCW群落结构差异性最大,NQ1与NQ9最小。（4）nifH基因相关固氮菌门主要为变形菌门、疣微菌门、厚壁菌门、unidentified和放线菌门。种群多样性表现为 NQ9＞NQ1＞YCW＞BCW＞NQ5＞NQ7,丰富度表现为NQ1＞NQ9＞BCW＞NQ5＞YCW＞NQ7。nifH基因相关土壤固氮菌群落属水平中,脱硫单胞菌属Unidentified、斯克尔曼氏菌和固氮螺旋菌属为优势菌属。PCoA分析表明,NQ1和NQ9、BCW和YCW微生物群落具有相似性;NQ5和YCW微生物群落具有差异性;NQ7与其他品种微生物群落差异性较大。（5）phoD基因相关解磷菌门主要为放线菌门、Unidentified和变形菌门。种群多样性表现为:NQ9＞YCW＞NQ7＞NQ5＞NQ1＞BCW,丰富度表现为 YCW＞NQ9＞NQ5＞NQ7＞NQ1＞BCW。phoD 基因相关土壤解磷菌群落属水平中,姜氏菌属为优势菌属。unidentified和other占47.28%～90.05%,表明phoD基因相关解磷菌在属水平上还有绝大部分新的物种组成有待研究。PCoA分析表明,NQ7和其他品种微生物群落具有显著差异;NQ1、NQ5、NQ9、BCW和YCW微生物群落差异性较小。（6）相关分析发现,土壤环境因子是影响6种不同枸杞品种根际土壤微生物群落结构变化的关键因子。6种不同枸杞品种根际土壤细菌、古菌、真菌、nifH基因相关固氮菌和phoD基因相关解磷菌群落多样性在种间与种内存在显著差异。