村民自治作为农民首创的一项农村基层民主制度，在我国实行已经有30多年的时间，在这段时间里，它不仅提升了全民族的民主意识和民主素质，加强了农村社会的稳定,而且在巩固党对农村的领导方面也有突出的贡献。但由于村民自治推行于中国经济文化最落后的农村，所以随着村民自治发展的不断深入，遇到的困难和问题也层出不穷，包括经济贫困障碍、村民观念障碍、“两委”关系障碍、法制建设障碍和宗教势力障碍等，这些问题解决的好与否，将直接影响到村民自治制度的运行效果。基于此，本文运用了政治学、行政学、社会学和经济学等理论知识深入分析了上述问题的成因，探索改善村民自治制度运行效果的对策：物质基础方面，要大力发展农村经济，促进农民增收，发展集体经济；思想基础方面，要加强农村思想政治教育工作，在村民自治实践中培育农民的民主政治意识；基层组织方面，要转变党的领导方式，加强基层党组织建设，规范“两委”之间的职责，用“公决制”来解决两委纷争；法制建设方面，要健全制度法规，完善村民自治的运行机制，注重村民自治的有效运作；限制宗族势力方面，为净化村民自治外部环境，要增加乡镇政府对村民委员会的支持力度，加强对宗族势力的引导和控制。