稻瘟病是一种世界性范围内的水稻病害，防治困难的原因在于其生理小种种类繁多、组成复杂，变异率高，能快速地根据环境的变化调整群体结构，适应新的外部环境。鄂西南地区作为国家防治稻瘟病的重点区域，其气候条件适合稻瘟病的发生，是研究稻瘟病菌的理想区域。　　本研究收集鄂西南地区2011、2012年间水稻穗颈瘟感病稻杆，从稻杆上分离不同年份的稻瘟病菌，从形态、无毒基因组成及遗传结构方面进行群体的变化动态和演化趋势的研究。得到以下结果：　　1.从2011年9个感病稻杆上分离得到29个稻瘟病菌，从2012年31个稻杆上分离得到117个稻瘟病菌。　　2.2011年菌群不含无毒基因Avr-Pit和Avr1-CO39，90％以上供试菌株中含有无毒基因Avr-Pik、ACE1和Avr-Pizt。2012年供试菌群不含无毒基因Avr-Pit，90%以上供试菌株中含有Avr-Pik、Avr1-CO39、ACE1和Avr-Pizt。　　3.得到一个由16个RAPD引物、3个ISSR引物和一对Pot2引物构成的分子标记体系，该体系可将2011和2012年分离的60个菌株有效区分开。通过聚类分析在75%相似性水平上两年的分离菌株均显示出优势宗谱和稀有宗谱共存的特点。两年菌株同时进行聚类分析的显示，在76.1%的相似性水平上可将60个菌株分为10个遗传宗谱，而仅有一个遗传宗谱同时含有2011年和2012年的菌株，说明两年间分离菌株在遗传结构上具有明显的差异。　　4.供试菌群的地理来源位置、菌落形态和分子谱系三者之间没有明显的对应关系。