有鳞目是爬行动物中最繁盛的一个类群,包含约7200个物种。由于成员之间在形态学、生态学、行为学、及生活史类型等方面存在极丰富的多样性,因此有鳞目成为进化生物学和系统生物学研究的理想模式系统；阐明其物种之间的系统发育关系,对我们认识生物在进化过程中其形态、行为和生存策略等方面如何适应环境而逐渐发展变化有着重要的意义,以及在方法学上我们如何利用生物之间表型和分子水平的信息来了解它们进化历程也有重要的指导意义。本研究采用线粒体基因组全序列为分子标记,使用了多个数据集和构树方法,对有鳞目高阶元的系统发育关系进行了探讨,研究的主要内容与结论如下：1.经PCR及序列测定,获得了无蹼壁虎的线粒体基因组全序列,其总长为16818bp。通过对基因的查找和定位,确定了无蹼壁虎线粒体基因组中包含的37个基因,分别为13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因及22个tRNA基因,此外还有一个主要的非编码区,即控制区。各基因的位置、排列顺序均及转录方向和大部分的有鳞目物种一致,未发现有基因重排。各基因或区域的碱基含量也与普通脊椎动物类似,AT含量明显比GC含量高,并表现负的GC偏斜值及正的AT偏斜值。通过tRNAscan-SE预测的tRNA二级结构,除Ser(AGY)缺失T臂外,其余的都可以形成典型三叶草结构。2.经PCR及序列测定,获得了南草蜥线粒体基因组的近全长序列,共15583bp,包括全部的13个蛋白质编码基因,2个rRNA基因及20个tRNA基因。已知序列的碱基含量、基因位置与结构等特征均与普通脊椎动物类似。预测的20个tRNA二级结构中,所有tRNA都可以形成三叶草结构。3.从GenBank数据库中下载了31条有鳞目物种线粒体基因组全序列,与本研究新测定的两条序列一起用于有鳞目系统发育研究。研究共使用了5个数据集,分别是13个蛋白质编码基因的氨基酸序列(AA13)、去除ND6后的AA数据集(AA12)、13个蛋白质编码基因的核苷酸序列(DNA13)、去除ND6后的DNA13数据集(DNA12)以及去除密码子第三位的DNA12数据集(DNA12-3rd)。每个数据集使用最大简约法(MP)与贝叶斯法(BI)两种方法构建了系统发育树。得到的十棵系统发育树拓扑结构不完全一致,各科的单系性除蚓蜥科外都得到支持。高阶元的系统发育关系不支持形态学上将有鳞目划分为鬣蜥亚目与硬舌亚目及石龙子下目为单系的观点。四肢退化的类群未聚成一个分支,且具体位置仍不确定,蛇与端生齿类可能因长枝吸引而聚在一起。4.不同数据集和系树统建方法对系统发育结果影响较大,ND6基因的在氨基酸序列上可能包含有系统发育有用的信息,而DNA序列则可能成为系统发育分析的噪音。密码子第三位点的碱基对系统发育分析存在干扰。MP法构建的系统发育树或许没有BI法可靠。