鄱阳湖生态经济区位于江西省北部，包括南昌市、鹰潭市、景德镇市的所有市辖区（县、市），以及抚州、九江、上饶、新余、宜春、吉安市的部分县（市、区），共38个县（市、区）和鄱阳湖全部水域面积，是我国重要的生态功能保护区。现实情况表明，鄱阳湖生态经济区建设急需发挥科技创新的引领与支撑作用。但鄱阳湖生态经济区内的各个县域之间的科技创新现状存在较大差异，需要采用现代评价方法对各个县域的科技创新能力进行科学评价，为提升鄱阳湖生态经济区的整体科技创新能力提供参考依据。鄱阳湖生态经济区科技创新能力的评价涉及了多个学科的研究范畴，需要综合运用区域发展理论、生态经济理论、科技创新理论等相关理论为后续研究提供理论基础。从区域发展理论来看，应把鄱阳湖生态经济区打造为江西省乃至整个中部地区的核心增长极；从生态经济理论来看，鄱阳湖地区的优势和发展重点都是生态，如何打好生态这张牌关系到鄱阳湖生态经济区的长远发展；从科技创新理论来看，技术创新和制度创新是推动科技创新的主要方式，鄱阳湖生态经济区应围绕“山江湖工程”重点加强低碳技术、水资源保护技术、生物技术等技术创新，并从金融、税收、人才、资源配置等方面进行制度创新。为对鄱阳湖生态经济区内38个县（市、区）的科技创新能力进行分类，采用聚类分析法作了探索性分析。首先构建了一个由5个一级指标、12个二级指标和33个三级指标组成的评价指标体系；然后运用SPSS16.0统计软件的聚类分析功能，对鄱阳湖生态经济区科技创新能力的类型进行了探索性的分类，将其分为1、2、3三种类型；其中第1种类型包括10个县（市、区），第2种类型也包括10个县（市、区），第3种类型包括18个县（市、区）。为对鄱阳湖生态经济区内的38个县（市、区）的科技创新能力进行精确评价，运用因子分析法计算得到了每个县（市、区）科技创新能力的综合得分和排序。根据聚类分析与因子分析结果，将第1类的10个县（市、区）称为“科技创新能力较强区域”，第2类的10个县（市、区）称为“科技创新能力中等区域”，第3类的18个县（市、区）称为“科技创新能力较弱区域”。根据实证分析结果，发现鄱阳湖生态经济区整体科技创新能力不强，区域内各个县域之间的差距较大；政府的宏观统筹与协调工作不到位，未能有效发挥政府在科技创新中的引导作用；企业科技创新意识薄弱，缺乏创新活力及能力不足；科技进步环境不佳，未能有效支撑科技创新的长远发展；科技创新效率不高，技术成果市场化差距较大，自主创新水平亟需提升；科技创新的作用不够突出，科技创新资源未能有效整合，政策配套机制尚不成熟，科技创新环境有待进一步改善。提升鄱阳湖生态经济区的科技创新能力，需要有关政府部门、高等院校、科研院所、企业机构、科技中介等创新主体的共同努力。根据聚类分析与因子分析结果，结合鄱阳湖生态经济区科技创新能力存在的主要问题，提出以下对策建议：一是加强组织领导，建立高效统一的协调机构；二是合理配置创新要素，提高科技创新效率；三是创新体制机制，完善区域科技创新体系；四是深化科技体制改革，着力提升科技创新源动力；五是优化科技创新环境，增强社会文化对创新的推动力。