中医药是我国传统优势领域,对中医药的法律保护主张多数学者赞同以知识产权为核心的私法保护为主,但是中医药知识产权保护一直是我国知识产权领域的弱项。中医药知识产权保护体系是围绕专利制度为核心而构建的,在专利制度的掩盖下,中医药商业秘密保护一直未受到重视。但是与西药相比,中药专利的授权率往往很低,这主要是中药难以达到专利标准导致的。而这些问题不是为中药增设特殊审查标准或是降低专利审查标准所能解决的。选择中药专利保护和中药品种保护为比较对象,分析两者在中医药保护中的不足,从而引出中医药商业秘密保护。在权利获取、保护覆盖范围等方面的优势凸显了商业秘密制度在中医药保护领域的适用价值。本文以中医药商业秘密保护为研究对象,也正是基于其对中医药保护的积极作用。但是商业秘密制度本身的缺陷,以及中医药商业秘密保护与其他制度之间的矛盾和冲突,造成了目前中医药商业秘密保护中的困境。在中医药商业秘密保护的完善中,首先应加强预防性保护,秘密性是商业秘密的核心。其次,完善商业秘密的侵权救济,对既有制度之间的矛盾进行整合和协调。此外,中医药资源的多样性和复杂性决定了单一的保护手段无法覆盖其全部内容,可以通过与其他保护手段结合的方式,加强中医药商业秘密保护。对于中医药商业秘密保护的研究,无意于对抗专利制度的核心地位,也并非过分强调商业秘密的比重,而是期望协调它与专利及其他保护方式,以重塑和完善中医药的保护体系。形成以私法保护为基础、多种保护方式相结合的中医药综合保护机制。