【摘 要】
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基因组测序的完成,拉开了蛋白质组学的序幕。蛋白质是生命活动的主要承担者,但不是独立的完成生物功能,而是通过蛋白质之间的相互作用绑定在一起形成蛋白质复合物来完成的。
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基因组测序的完成,拉开了蛋白质组学的序幕。蛋白质是生命活动的主要承担者,但不是独立的完成生物功能,而是通过蛋白质之间的相互作用绑定在一起形成蛋白质复合物来完成的。因此,用蛋白质相互作用网络(PPI网络)识别蛋白质复合物,对于揭示蛋白质的功能和特定的生物过程具有重要意义。本文的主要研究工作和贡献如下：通过集成PPI网络和基因表达谱,提出了一种基于时间片相关性的蛋白质复合物识别方法TACD。方法TACD首先根据基因表达阂值的研究,构建出每个时间片的PPI网络；然后运用已知的聚类算法到每个时间片的PPI网络,得到相应的簇；再利用时间片相关性对识别的簇进行融合；最后进行过滤处理。将方法TACD应用于酵母的PPI网络和基因表达谱,实验结果表明：方法TACD,对用动态PPI网络识别的蛋白质复合物,有良好的去冗能力。通过对蛋白质复合物的组成结构的分析,提出了一种基于核-附属结构的蛋白质复合物识别方法DPC,将每个蛋白质复合物分为两部分：持续表达蛋白质组成的核和瞬时表达的附属蛋白质,其中持续表达蛋白质是指在整个生命周期中都表达的蛋白质。将方法DPC应用于酵母的基因表达谱和PPI网络,实验结果表明：与方法COACH和Core-Attachment相比较,方法DPC能识别更多精确的核,并且在与已知蛋白质复合物的匹配方面上,明显优于方法CMC、MCL、SPICi和HC-PIN;方法DPC识别的复合物具有良好的功能富集性。图18
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