药用植物基因多样性即遗传多样性,是指蕴藏在植物个体基因里的所有遗传信息的总和,包括一个群体内不同个体或种内不同群体之间的遗传变异。全面准确地了解药用植物基因多样性,将能探明其进化的历史,有助于资源开发、物种保护及种资源保护。传统中药多是复方制剂,成分多样且作用机制复杂,这给药物研究带来很大的困难。而基因芯片技术具有大规模、高通量、平行检测等优势,是从基因层面来鉴别植物,不会受植物不同取样部位、不同取样时间以及不同前处理过程与方式的影响,结果稳定,重复性好。重楼属植物是极具药用价值的植物,但长期以来其野生资源被过度采集,在许多地区已濒临灭绝,因此开展其物种分子水平的研究很有必要。本研究测定了壶瓶山8种重楼属样品rbcL基因、atpB基因和18SrDNA基因序列,比较了该3个基因的差异,构建了基于这3个基因序列的遗传进化树,分析它们的同源性关系,对其属下分类及亲缘关系进行了描述,探讨重楼属植物的基因多样性。利用现有药用植物基因资源筛选其特异性片段制作探针。然后用接触式点样法构建用于药用植物分析的基因芯片,优化了芯片杂交的关键技术,探索最优杂交温度为55℃。用基因芯片检测了10种药用植物：长春花、银杏、青蒿、文县黄耆、杜仲、黄连、野薄荷、红豆杉、华中雪莲、黄芩。长春花的功能基因最丰富,进而富含大量的次生代谢产物如黄酮、生物碱、萜类等。最后将植物群落基因组芯片鉴别了凌云重楼和壶瓶山重楼,结果表明凌云重楼比壶瓶山重楼功能基因丰富,有效成分含量更高,更具有药用价值。