由于意识形态的考虑以及出于防止国有资产流失的目的，中国股市于成立之初，在维持既得利益和建立新制度之间做出了一种均衡的选择：设计了一种发起人持有的国有股、法人股不能上市流通、向社会投资者募集的股份可自由流通的二元制结构。这种股权分置的结构，虽然早期在国有企业快速融资上发挥了积极的作用，但也给中国股票市场种下了制度性缺陷的根源，并随着新股的不断发行和市场的逐渐扩大，各种矛盾愈积愈深。在本次股权分置改革之前，中国股票市场也曾进行过几次国有股流通的尝试，但由于均采用了行政命令的方式，加上价格因素等原因，均以失败而告终。通过对中国上市公司股权结构进行分析，在股权分置改革前，上市公司非流通股约占总股本的三分之二，并且绝对数量越来越大，股权分置问题已到了非改不可的阶段。　　 股权分置导致非流通股的未来流动性处于一种不确定的状态，流通股股东利于处于一种不确定的损害状态，其破坏了上市公司利益机制一致性的基础。在股权分置作用下，中国股票市场的融资功能、定价功能和资源配置功能不能正常发挥作用，形成了中国股票市场的功能性缺陷。同时，由于中国股票市场是在旧体制和新体制交替过程种形成的，加上为国有企业融资服务的出发点，在此情况下制定的股票市场规则很难及时有效地指导市场的运行，形成了中国股票市场的规则性缺陷。在功能性缺陷和规则性缺陷的共同作用下，上市公司的治理结构发生偏差，形成了中国股票市场的机制性缺陷。上述三种缺陷共同构成了中国股票市场的制度性缺陷。　　 针对上述问题，本文运用制度经济学的理论，从制度设计、制度运行和制度变革三方面分析了这种股权分置所导致的交易费用和社会成本的增加、资源配置低下的情况，认为股权分置是由制度设计过程中的有限理性所致，指出股权分置的根治之道是通过制度创新，在股票市场的发展中渐进解决。同时，对股权分置改革进行法律分析，认为股权分置改革以后，原非流通股的上市流通，改变了此前所做的暂不上市流通的承诺，是对原合同约定的变更。　　 2005年4月，中国证监会宣布启动股权分置改革工作，具体表现为非流通股股东为获得所持股份的流通权，向流通股股东支付一定水平的对价。在股权分置改革的同时，管理层采取了一系列的配套政策，改善中国股票市场的运行环境。由于本次股权分置改革采用了市场化的方式，通过相关股东会议投票表决，由非流通股股东和流通股股东自行决定是否进行股权分置改革，本次股权分置改革进展顺利，目前已接近尾声。　　 股权分置改革改变了中国股市原有的游戏规则，即由原股权只能部分流通，变为经过一定禁售期后，股权可全部流通。在短期内，由于非流通股上市流通所带来的扩容压力和新老划断后新企业上市所带来的扩容压力的影响，股权分置改革会给股票市场带来一定的冲击。但从长期来看，股权分置改革消除了中国股票市场最根本的制度缺陷，它使得所有的股份能够自由流通，完善了制度设计的缺陷，所有的股东能使用同一个价值判断标准，实现了同股周权同价同利。股权分置改革以后，投资者愿意在股票市场进行投资，股票市场的融资功能得到了恢复；由于盈利模式趋于一致，有利于形成理性的定价机制；社会资源得到了优化配置，为上市公司并购重组扫清了障碍；通过改变国有资产的价值评估方式和国资运营效率考核方式，促进了国有资产管理体制的深化，即股票市场的功能性缺陷得到了恢复。同时，上市公司实现了股权结构的合理化、股东利益的一致化，以及约束和激励机制的完善，有助于形成良好的公司治理结构，即股票市场的机制性缺陷得到了恢复。最后，对股票市场规则性缺陷的完善提出了自己的建议，提出市场经济的事，最好由市场化的手段来解决，对于股票市场内部运作的缺陷宜采用市场化的手段去解决，对于规范市场宏观环境的制度缺陷如监管、信息披露等，应尽量由法律来加以规范，少采用行政命令的方式。