R&D活动是整个科技活动的基础和核心,是衡量一个国家和地区科技发展水平、科技活动结构、科技投入程度和科技含量的重要指标,在科技创新活动中起着关键的作用。发达国家的经济发展经验表明,R&D投入是现代经济增长理论研究的重要元素,是经济发展的核心。当前世界已进入后危机时代,后危机时代的经济发展离不开新兴产业的发展,目前以新能源为代表的产业革命已悄然兴起,新一轮的产业竞争已经来临。在寻找危机后引领全球经济发展的新技术和新的产业增长支柱都离不开R&D投入。可以说R&D投入对新一轮的经济发展有着至关重要的地位。目前,我国正处在经济发展方式转变的关键时期,R&D投入绩效及其对经济发展的贡献日益受到人们的关注。加大R&D投入、提升R&D投入绩效是建设创新型国家,增强科技竞争力的关键。然而一直以来,R&D投入强度指标并未能实现预期的一些目标,R&D投入绩效不理想,我国R&D投入尚不能有力地支持我国经济的持续快速发展。因此,加强R&D投入的绩效评价,制定并实施适应新形势下的经济社会发展的R&D投入战略,加强R&D资源合理配置与管理,提高R&D投入绩效,对加快中国经济发展方式的转变,提高中国经济发展的质量,增强中国国际竞争力具有十分重要的理论和实际意义。本文从R&D投入绩效的基础理论和相关文献研究入手,系统分析了R&D投入绩效评价的内涵及其基本理论,从宏观、中观和微观层面对影响R&D投入绩效的因素进行了分析；构建了R&D投入绩效评价的指标体系和方法体系,形成了由R&D投入和R&D产出2个一级指标,R&D人员投入、R&D经费投入、R&D成果直接产出、R&D成果产出效率和经济社会效益产出5个二级指标以及R&D人员、R&D经费支出和专利申请受理量等24个三级指标组成的R&D投入绩效评价理论指标体系；接着分析了中国R&D投入产出的特点,尤其对中国R&D经费投入强度的的“S”形特点进行了Logisitic模型分析,在企业层面上运用最优尺度回归分析剖析了影响中国R&D投入绩效的因素；在对绩效评价的主要方法比较后,结合R&D投入绩效评价的特点,用因子分析、聚类分析和判别分析的组合方法评价了基于区域层面的R&D投入绩效、用DEA方法评价了基于产业层面的R&D投入绩效以及用系统动力学方法评价了基于宏观数据的R&D投入绩效；最后提出了提升中国R&D投入绩效的对策建议。研究认为,R&D投入不足且投入区域和行业间存在较大差异,政府R&D投入的引导作用不够,基础研究、应用研究和试验发展的协同度不高,企业主导型的R&D投入模式尚未形成,知识产权评价与保护力度不够,全球化竞争加剧冲击R&D活动等因素制约和影响我国R&D投入绩效。为此,从投入、保障、合作以及监控等四个方面提出了提升中国R&D投入绩效的对策建议,不断加大R&D经费投入和人员投入的力度,一方面推进R&D经费投入方式的多元化以及结构的优化,另一方面实施R＆D高级人才的引进、培养和教育工作,提高R＆D人员投入；建立健全提升R&D投入绩效的保障体系,在强化政府对提升R&D投入绩效作用的同时,加强知识产权管理和保护的法律保障；积极开展国内外的R&D合作,不仅推进企业R&D主导,产学研合作的技术创新体系建设,而且推进国际R&D合作战略；重视R&D投入绩效评价,建立完善的绩效评价体系。本文的创新之处主要有：第一,本文界定了R&D投入绩效评价的内涵,全面系统的建立了R&D投入的绩效评价体系,拓展了R&D投入绩效评价的研究领域和方法应用。第二,针对中国R&D投入的特点,对中国R&D投入强度的变化呈现“S”形,运用Logistic增长曲线模型进行分析,明确了中国R&D投入强度增长曲线变化的三个重要时点；采用最优尺度回归方法对江苏创新调研数据进行分析,模型显示R&D人员投入、R&D经费支出、企业规模大小以及企业创新意识等因素是影响R&D投入绩效的关键因素。第三,在区域层面和产业层面对中国R&D投入绩效绩效评价中,有机地将因子分析、聚类分析、判别分析和DEA等方法组合优化；基于宏观数据,构建一个同中国R&D投入绩效实际较为吻合的系统动态仿真模型并应用于实践,动态预测了中国R&D投入绩效的变动,为把握未来绩效变化特点以及政策因素在变动中的作用提供了依据。