农业天然弱质性、我国城乡二元经济结构、农民增收困难等问题决定了政府必须对农村进行扶持与保护。而政府对农村的扶持主要体现在财政上的支持。尽管我国财政支农支出随着经济的发展不断增加,但对“三农”的支持力度仍然有限。因此,如何有效地利用有限的财政支农资金、优化财政支农结构显得至关重要。本文利用VAR的脉冲响应研究财政支农资金投入结构对农村GDP的影响得出：农村科技三项费用对农村GDP冲击最大,农业综合开发投入对农村GDP冲击次之,农业基础设施建设和农村社会事业投入对农村GDP的冲击最弱。通过误差修正模型的构建来分析财政支农资金投入结构对农村产业结构的影响,得到的结论为：农村科技三项费用的投入比例在短期偏离均值的程度最大；支持农林牧渔业事业费和农业综合开发费用投入在短期偏离均值次之,但偏离均值的幅度较小；农村救济费投入、农村社会事业投入以及农业基础设施建设投入在短期内偏离均值幅度相似且很小；农村水利基本建设投入的差分项最小。运用灰色关联模型分析财政支农资金投入结构对农民人均纯收入的影响得出：七项财政支农投入对农民人均纯收入影响都较大且影响程度差距不大,其中农村科技三项费用投入比重与农民人均纯收入的关联度最高,水利基建投入比重与农村微观产出的关联度最低。在理论和市政分析的基础上提出：财政支农资金投入结构中,比重最大的财政支农项目应为农村科技三项费用投入；农村社会事业投入比重、农村救济费和农业综合性开发投入比重居中；而农村水利基建投入的比重应调整为最小。