我国的知识产权司法保护还处于起步的初始阶段,虽然近年来有很大发展,但相关制度规定还不够完善。如知识产权审判机构设置不够合理、知识产权案件审判队伍专业化程度不高、侵害知识产权行为打击不力等等,尤其是近年来对知识产权司法保护研究不够,使我国知识产权司法保护水平还不够高。本文以发达国家知识产权司法保护制度为参考,通过实证研究和比较研究的方法,针对我国现行有关知识产权司法保护制度存在的问题,提出跨地区建立专门知识产权审判机构的构想。跨地区建立专门知识产权审判机构,可以有效整合司法资源、防止或消除地方保护主义、提高审判效率、提高知识产权审判法官的专业水平。本文通过对人权保障理念、程序公正理念和诉讼效益理念的法理阐述,为建立专门知识产权审判机构提供理论支撑。并且通过我国知识产权审判制度之现状分析,揭示当前我国知识产权审判制度存在的问题,分析了跨地区建立专门知识产权审判机构的现实基础。最后,笔者提出跨地区建立专门知识产权审判机构的构想,包括突破现有司法体制,构建科学合理、公正高效的专门知识产权审判机构,培养专业知识产权审判队伍,设立专家陪审制度,完善统一执法标准,加大经费投入保障等几个方面,为完善我国知识产权司法保护体系提供理论基础和技术支持。