2012年起由国土资源部启动的小产权房试点清理工作，即将在全国范围内稳妥有序的展开。这次试点清理将以总结试点工作为基础，探讨小产权房问题解决的新方式，对现有政策进行调整、完善及创新，为启动小产权房的全面清理工作做好政策、制度上的准备。政府在政策方向上仍然选择了“小产权房非法论”，在法律上“不予确权登记，不受法律保护”，这就意味着与之相关的购房人的权益无法得到法律意义上的承认与保护。那么小产权房存在的深层次原因是什么？全国各地现已建成并使用的小产权房该如何存续？现有土地制度是否合理，又该如何改革？这些问题将在本文中一一加以探讨。本文首先界定了小产权房的概念及内涵，简要概括了其特点及发展现状，并试分析其存在的原因，即二元化的城乡土地制度，畸高的城市房价及相对滞后的土地法律体系。再以现有制度和法律法规为切入点，具体分析了小产权房在土地利用、交易手续、登记制度等方面与现有的土地制度和法律法规所产生的冲突；列举了目前学术界存在的关于小产权房的主要观点，即集体土地国有化、集体土地私有化、农村土体所有权多元化以及完善土地所有制；分析了各主流观点的争议之所在，并对其进行了较为客观辩证的评析。随后，在前文基础上对目前我国农村土地制度进行了深入的法学分析：小产权房实际上冲击的是我国集体土地所有制下农村土地的社会保障功能和生产要素功能，也是集体土地流转制度矛盾及土地用途管制缺陷的集中体现。最后，针对已建成小产权房给出了处理建议，并为今后清理小产权房的合理规划工作提出建议。解决小产权房问题，不能脱离现有法律框架体系，笔者在选定的价值取向及处理原则的前提下，综合前文分析，提出解决思路：对于已建成并投入使用的小产权房不能简单“一刀切”，应当具体情况具体分析，合理地区别处理；在制度方面建议应当以《宪法》为基础，通过修改《土地管理法》的相关规定改革集体土地使用权流转制度，包括明晰产权，确立集体土地使用权的物权地位，强化对集体土地私益性权能的保护以及建立规范有序的集体土地使用权流转制度；建议重塑土地用途管制制度，建立科学合理的土地管制用途分类法及功能分区体系，摒弃模糊、粗糙、行政化命令的土地发展许可模式，建立完善的农用地转用许可程序以及重新确立利益沟通的建设规划许可审批程序，以效率作为基本价值追求，促进和保障土地市场的正常运转。